Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,556,531 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,556,531 | 0 | A | T | 99.4% | 722.2 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (149/156); minor base C (1/1); total (151/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,556,532 | 0 | G | C | 99.4% | 723.5 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (150/154); total (151/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,556,533 | 0 | T | A | 98.7% | 724.7 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (149/155); minor base C (2/2); total (151/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TTAGCGATAATTTGTCATTTTAGCTTGATTCAACATAACAATAAAAACGGTAAGGTACAGCCTCGTTTGTAACAATGAGAAGCATATGACCTGTAGTACTAGTTTAAGCGGCAAAAACAGGATTGTCCTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGATTCGTTCCGCTTACAGCCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCAGTCCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTAGCCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCACTGGGAAGCGCTATGGTCGTGCCGC > CP042583/1556251‑1556810 ||| ttagcgcataTTTGTCATTTTAGCTGGATTCAACATAACAATAAAAACGGGAAGGTACAGCCTCGTTTGTAACAATGAGAAGCATATGACCTGTTCAACTTCATTAAGCGGCAAAAACAGGATTGTCGTTATCGCTGGCATTCTGATGATTGCCACAACATTACGCGTCACCTTTACCGGCGCAGCACCGTTACTGGATACGGTTCGTTCCGCTTACTCGCTGACGACAGCGCAAACCGGCTTATTGACCACCCTGCCATTATTGGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTg < 2:2120642/280‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |