Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,557,083 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,557,083 | 0 | A | T | 100.0% | 595.6 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,557,084 | 0 | G | C | 100.0% | 592.1 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (126/123); total (126/123) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,557,085 | 0 | T | A | 98.8% | 581.9 / NA | 249 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (123/123); minor base C (3/0); total (126/123) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCAGCGGGATGGCACAAT > CP042583/1556805‑1557359 ||| gCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGt > 1:594620/1‑289 (MQ=255) cGCTGGCTTTGACCGGTTTGGGCTGGCAAGGAGCGTTGCTCATGCTGATGTGTATTCCTCTGCTGGCTCTTTGTTTATGGCTGCCACCGTGGAGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑GGTACCGCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCATATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGtt < 2:486668/288‑1 (MQ=255) tGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTtgc < 2:426766/288‑1 (MQ=255) ggTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACTCACTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTTCACTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCca < 1:149759/289‑1 (MQ=255) 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TGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGGCAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTG‑AGTACCAGCCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTAGTCCGCTTGCCTGGCAG‑GTCACATTGTTTCTTGGGATCAACAGTCTGGTCTATTACGTGATTATTGGCTGGCTTCCGGCGATCCTCATCAGTCACGGCTATAGCGAAGCACAGGCGGGTAGTCTGCATGGTTTGCTGCAACTAGCCACAGCAGCACCCGGTTTGCTGATCCCACTTTTCTTACATCATGTGAAAGATCAGCGTGGTATTGCAGCGTTCGTTGCCTTGA‑TGTGCGCAGTGGGCGCGGTTGGGCTCTGCTTTATGCCAGCGCACGCGATCACCTGGACTCTGCTTTTCGGTTTTGGTTCCGGCGCAACAATGATACTGGGGTTGACGTTCATTGGTCTGCGGGCTAGTTCTGCGCATCAGGCGGCGGCACTCAGCGGGATGGCACAAT > CP042583/1556805‑1557359 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |