Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 437,338 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 437,338 | 0 | A | T | 99.6% | 663.5 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 437,339 | 0 | G | C | 99.6% | 656.9 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (141/137); total (142/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 437,340 | 0 | C | G | 99.3% | 649.4 / NA | 279 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (141/136); total (142/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGC‑CTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGAGCATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTG > CP042583/437061‑437619 ||| cAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGTCACTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCATCGGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCG‑CTGAAGGGc < 2:174430/289‑1 (MQ=255) 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tGTACCAAAGCCTCG‑CTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTa > 1:1950365/1‑289 (MQ=255) cAAAGCCTCG‑CTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTg < 2:2129046/289‑1 (MQ=255) ||| CAGGAAAAGCGAAATTTAAAAGAGGTTAATTATGAAACTGGGATTTATTGGCTTAGGCATTATGGGTACACCGATGGCCATTAATCTGGCGCGTGCCGGTCATCAATTACATGTCACGACCATTGGACCGGTTGCTGATGAATTACTGAGTCTGGGTGCCGTCAGTGTTGAAACTGCTCGCCAGGTAACGGAAGCAAGCGACATCATTTTTATTATGGTGCCGGACACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCAGC‑CTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGAGCATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTG > CP042583/437061‑437619 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |