| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,583,808 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,583,808 | 0 | A | T | 99.4% | 823.9 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,583,809 | 0 | G | C | 99.4% | 816.6 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (168/175); minor base A (1/1); total (169/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,583,810 | 0 | T | A | 99.7% | 830.7 / NA | 346 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (169/176); minor base C (0/1); total (169/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
AAAACCCAGGTGAATAACGCGGTTAGCGTTGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGAAGTATCCTCGATGAATTTCAGTTTCACCGTCCGCTAATCGCGTGTACCCTGGTGGGTATCGTTCTTGGGGATATGAAAACCGGTATTATTATCGGTGGTACGCTGGAAATGATCGCGCTGGGCTGGATGAACATCGGTGCT‑GCAGTTGCGCCTGACGCCGCTCTGGCTTCTATCATTTCTACCATTCTGGTTATCGCAGGTCATCAGAGCATTGGTGCAGGTATCGCACTGGCAATCCCTCTGGCCGCTGCGGGCCAGGTACTGACCATCATCGTTCGTA > CP042583/1583530‑1584087 ||| aaaCCCAGGTGAATAACGCGGTTTCGGTTGATGAAAAAGATATCGAGGCGTTCAAGAAACTGAATGCGCGCGGTATTGAGCTGGAAGTCCGTAAGGTTTCCACCGATCCGAAACTGAAAATGATGGATCTGATCAGCAAAATCGATAAGTAACGTATTGTGTTGATTATCACTCAGTTTTCACACTTAAGTCTTACGTAAACAGGAGAAGTACAATGGAGATTACCACTCTTCAAATTGTGCTGGTATTTATCGTAGCCTGTATCGCAGGTATGGGATCAATCCTCGAt < 1:1542607/289‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |