| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,585,812 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,585,812 | 0 | A | T | 99.6% | 599.2 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,585,813 | 0 | G | C | 100.0% | 601.1 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (108/144); total (108/144) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,585,814 | 0 | C | G | 100.0% | 594.9 / NA | 252 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (108/144); total (108/144) | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
GTTCATCATGCCCCGCCGTAACGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCTTCGTCGGATTGATTGTCATTCTTATCTATAACAACGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGAGCGAAGATGGCGTGTTGGTGATGCAATTAGAACAGCGTCGGCTGTTAATCCGCGTTCGAAATATCGACGATCTGGAAAAAATTTATAAGCTTCTCGTTAGTACTCAATAAGTTATGAATTTAGCCAAAGCTATGTTTAGTGTATTTTTAATAATCAGACATAGCTTAGGCTATATTACCTCTTCCCTTATTTGTTATTTATTTTAACGTTTCATTGATATATAAATCCAAATGAAAATCGTTATCAATAAAGCAATGAAATAATATATTCCAACAG > CP042583/1585532‑1586088 ||| gTTCATCATGCCCCGCCGTAACGGCCCCACCCTGCTGGCAATTCCTTTGCTCCGGCGTGGTCGCATCGATAGCGTTATCTTCGTCGGATTGATTGTCATTCTTATCTATAACAACGTCACGAATCATGGTGCGTTAATAACGACATGGTTATTAAGCGCACTGGCTCTGATGGGTTTTTATATATTCTGGATCCGCGTTCCGAAGATCATCTTTAAACAAAAAGGTTTTTTCTTCGCCAATGTCTGGATTGAATATAGCCGAATCAAAGCGATGAACTTGTCGGAAGAt > 2:1804552/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |