Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,586,792 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,586,792 | 0 | A | T | 100.0% | 538.6 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,586,793 | 0 | G | C | 98.2% | 513.1 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (114/105); minor base A (0/4); total (115/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,586,794 | 0 | T | A | 99.1% | 521.4 / NA | 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/109); minor base C (2/0); total (115/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CTGGGGAATGGGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGAGTACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCAGTATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGT‑CGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGCGACGGCTTCATCACCGCGAAGACGCATCGGA > CP042583/1586512‑1587070 ||| cTGGGGAATGGGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCC‑TTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTa < 2:1805602/288‑1 (MQ=255) tgggtgaTGGGCATGTTTGCCGCCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACACCTGGTTTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGATTGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTa < 1:1031341/282‑1 (MQ=255) gggggAATGGGCATGTTTGCCAGCCGGGTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTa < 2:2086186/287‑1 (MQ=255) gggAATGGGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAggg > 1:867182/1‑289 (MQ=255) gAATGGGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGCGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCCCCGCGATTTCCACCAGCCGGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGGTGCCGCAGTGGCCATTGGTGGTGCAACCTTGATTAAGTCAACATTCGGgat > 2:2252836/1‑289 (MQ=255) ggCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCCACATTATCGCGACCGCAGTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATTTCAACTTTAGGGTTGAtgg > 2:1458085/1‑289 (MQ=255) ggCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGAtgg > 1:776506/1‑289 (MQ=255) aTGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGCTATTCCCCGGCGGGCGAATGCTTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGCTGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTAATGGTACCCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGAGTCCATGGCCGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTTCAGGTCGACACTATCCCGACCGCATCTCCCTGTGGTTGCGCCACCTCGATTATTTCAACACTAGGGATGAtgcttg > 2:1165901/1‑289 (MQ=255) gaggcagccGGTTTGGTCTTGAGTCGAACCAGTGGATTGCGTGTGGGCTGGTGTTAGTAGTCGGCGGGCGAATGCTTATTGCGGGTTTTCGGGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGGTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGAGCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTc < 2:1871283/284‑1 (MQ=255) ccagccGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCtt > 1:1133004/1‑289 (MQ=255) 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ggTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGAAGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCgg < 2:736282/289‑1 (MQ=255) gAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGGTTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCACAATTATTGGGaaa > 1:605654/1‑289 (MQ=255) gAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGaaa > 2:1107068/1‑289 (MQ=255) 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ttGGGCTCCTGATATTCCTCGGCGGGCGATTGATTATGGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTcgg < 2:696867/289‑1 (MQ=255) gtgCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACCGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTcggcg > 2:776302/1‑289 (MQ=255) ctgctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCGACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGC‑TCAATATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGc < 1:1554676/288‑1 (MQ=255) tggtgagaggctgcggaggGAGGATGATGATGGAGGGTGTACGGTGGGGAGATGAGGAAGGTGGAGGGCCGCGCCGTAGACACGGTTTCTGGCGACTGGTAACCACCGAGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTTGGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCGCGGCGGGc < 2:2117184/275‑1 (MQ=255) tgctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGc < 1:759775/288‑1 (MQ=255) tCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGTCAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAATCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGattg > 1:569455/1‑286 (MQ=255) 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gttGATTATGTAAACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCTCAATTATTGGGAAAAAAGCGGCAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCGTCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGT‑CGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGCGACGGCTTCATCACCGCGAAGACGCGTCGGa < 1:1255501/288‑1 (MQ=255) ||| CTGGGGAATGGGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACCTTGATTATGAGTACATTAGGGATGATGGTTGGTCGCTTTATCGGCAGTATTATTGGGAAAAAAGCGGAAATTCTCGGCGGGCTGGTGCTGATCGGCATCGGCGTCCAGATCCTCTGGACGCACTTCCACGGTTAATAAGAACGCTGCCAGAGGTGAATATTAAAGTCCGTCTGGCAGT‑CGAACACTTCTTTTGCTGCCAGTGTTTGCCAGACTTCTGGCTTCGCACGCCAGGCAAACGGCGTCATCTGCAATAATGCGACGGCTTCATCACCGCGAAGACGCATCGGA > CP042583/1586512‑1587070 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |