| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,591,374 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,591,374 | 0 | A | T | 99.7% | 686.8 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,591,375 | 0 | G | C | 100.0% | 693.6 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (159/132); total (159/132) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,376 | 0 | C | G | 99.7% | 695.6 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (158/132); minor base T (1/0); total (159/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TCCATCTGGGTAGTGAACGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCAGCTTTAGCTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATC‑GACGTATTTATAAATGCGGTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTAGTCTGTTCTGCGCCCTTTCTGATAGCCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTGATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACAACGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCATAAACAGCTTTATTGTTGCCGTCTCTTCTGCTGCCGGGCCGACAATTGCTGCAGCAATCCTCTCCATCGCATCCTGGAAATGGTTATTTTTAATCAACGTACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGT > CP042583/1591095‑1591654 ||| cGCCTATCAAATCGCCATTGTCATCTCCCTGCTCTCGTTTTCGTTTCTGGGCGATATGTTTGGCTATC‑GACGTATTTATAAATGCGTTCTGGTCGTTTTTCTGTTGTCTTCACTGTTCTGCGCCCTTTCTGATTCGCTGCAAATGCTCACCCTTGCGCGTGTCATACAAGGTTTCGGCGGTGCAGCGTTCATGAGCGTTAATACCGCACTTATCCGCCTGATCTATCCACACCGTTTTCTGGGTAGAGGGATGGGCTTAAACTCGTTTATTGTTGCCTCCTCTTctgct > 2:2003737/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |