| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,591,749 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,591,749 | 0 | A | T | 99.7% | 738.9 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,750 | 0 | G | C | 99.7% | 729.6 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (158/150); total (159/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,591,751 | 0 | T | A | 99.0% | 723.2 / NA | 309 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (156/150); minor base C (3/0); total (159/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
ACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGA > CP042583/1591469‑1592037 ||| aGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCGCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTAtttt > 2:1977029/1‑287 (MQ=255) 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aGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTTGTAATGGGTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTTGCCCGCTTGTTTCACTTCCGTTTTGCACATCCGCTTGCACTTTCTCCGCATAAATGCCGCCAATGTTTTTCCCGCCCTTTTa > 2:1723282/1‑287 (MQ=255) aGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCttt < 1:583658/285‑1 (MQ=255) ccccGTTTCGCCCTGCCCAGTGCCGTGATGATCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTTTCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTCATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCaaa < 2:231440/289‑1 (MQ=255) 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gCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATc > 2:828822/1‑289 (MQ=255) gCGTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATc > 2:93666/1‑289 (MQ=255) gTATCCCGCTGTTTTCACTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTggg > 2:1177757/1‑214 (MQ=255) ||| ACCGTTAGGTATTATCGCCCTGCTTCTGGCGATGCGTTTTCTGCCACCCAATGGTTCTCGCGCCAGTAAACCCCGTTTCGACCTGCCCAGCGCCGTGATGAACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAAAGCCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTCTCTTCCCGTACCGCTGCTACCGGTGGATTTACTGCGTATCCCGCTGTTTAGTCTTTCTATTTGCACATCTGTTTGCTCTTTCTGCGCACAAATGCTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGA > CP042583/1591469‑1592037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |