Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,592,073 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,592,073 | 0 | A | T | 99.5% | 491.9 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (94/112); minor base C (1/0); total (95/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,592,074 | 0 | G | C | 99.5% | 486.8 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (95/111); minor base A (0/1); total (95/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,592,075 | 0 | T | A | 99.5% | 493.4 / NA | 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (94/112); minor base C (1/0); total (95/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
CTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGAGTCCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCAGCCTGATGGCTGCGGCTA‑TTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGTTTACGTATCACTCAGCCACGATCCAGGGCATAAAAAAAGCGCGTCGATCAGGACGCGCTTTTTAGTATTTACTTC > CP042583/1591794‑1592354 ||| cTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATa > 1:718595/1‑289 (MQ=255) ggCGATGGTTTTCCTCCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAAc < 2:28594/289‑1 (MQ=255) ggCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATaa < 1:1210050/288‑1 (MQ=255) ggCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATaa < 2:1910821/288‑1 (MQ=255) aaTGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACca < 1:1676281/288‑1 (MQ=255) aTGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcaca < 1:1718342/289‑1 (MQ=255) tGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCCCCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcaca > 2:802803/1‑288 (MQ=255) 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cccTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACcaca > 1:1457052/1‑277 (MQ=255) cccTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTAcc > 2:775452/1‑288 (MQ=255) ccTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGTCACCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTc < 2:923160/289‑1 (MQ=255) 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aTTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTTGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGCTTGGAGATAATTGTACACACTTCTCGCTGATGGCTGCGGCTA‑TTCTGGAAGTGATTGCTGCCTGTGTCATGGTTTTACGTATCACTCCGCCACGAACCAGTGCATAAAAAAAGCGAGTCGATCCGGACGCGCTTTTTAGTCTTTACTTc > 1:842535/1‑289 (MQ=255) aTTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCTCGCTGATGGCTGCGGCTA‑TTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGTTTACGTATCACTCAGCCACGATCCAGGGCATAAAAAAAGCGCGTCGATCAGGACGCGCTTTTTAGTATTTACt > 2:1589830/1‑287 (MQ=255) aTTCCAGTCACCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCTCGCTGATGGCTGCGGCCA‑TTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGTTTACGTATCACTCAGCCACGATCCAGGGCATAAAAAAAGCCCGTCCATCAGGACGCGCTTTTTAGTACTTACTTc > 2:816810/1‑289 (MQ=255) ||| CTGGCAATGGTTTCCCTGCCCTTTTACCTGCAAACCGTGCTCGGGCGTAGTGAAGTCGAAACAGGTTTACTTCTGACACCGTGGCCGTTAGCAACGATGGTGATGGCTCCGCTGGCAGGCTATTTGATTGAACGCGTACATGCAGGATTGCTGGGGGCTTTAGGGTTGTTCATCATGGCTGCGGGGCTTTTTTCCCTGGTTCTGCTGCCCGCGAGTCCTGCGGATATCAATATTATCTGGCCGATGATCTTATGTGGTGCTGGATTTGGCTTATTCCAGAGTCCCAATAACCACACCATTATTACCTCCGCGCCTCGCGAACGTAGCGGTGGAGCCAGTGGCATGTTAGGAACGGCTCGTCTACTGGGTCAGAGTAGCGGCGCGGCGCTGGTGGCGCTGATGCTAAATCAGTTTGGAGATAATGGTACACACGTCAGCCTGATGGCTGCGGCTA‑TTCTGGCAGTGATTGCTGCCTGTGTCAGTGGTTTACGTATCACTCAGCCACGATCCAGGGCATAAAAAAAGCGCGTCGATCAGGACGCGCTTTTTAGTATTTACTTC > CP042583/1591794‑1592354 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |