Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,599,117 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,599,117 | 0 | A | T | 99.5% | 493.6 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,599,118 | 0 | G | C | 99.5% | 494.7 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (117/93); total (117/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,599,119 | 0 | C | G | 99.5% | 499.2 / NA | 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/94); minor base A (1/0); total (117/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TGATGTCCTGATCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATAGTCCAGAAGAGAGCAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACAGCACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACAGCTGACTAAACTGGATTTAAATCCTGGTGGTAAAGTCACAGGGGAAATG‑ACCGTTGATCCCAGCGTCGTTACCCTGCTTCGTGAAAATACCCGCATCGAATTACGCAACCCGAAATTATCCCTTAGCGATGCTAATCTCAGCGCCCTGCTGACCGGCAAAACCTTCGAGCTGGTGCCCGGCGATGGCGAGCCACGCAAAGAGTTCGTTGTTGTGCCAGGCGAAAAAGCACTGCTGCATGA > CP042583/1598837‑1599394 ||| tgatGTCCTGATCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCg < 2:860488/289‑1 (MQ=255) tGTCCTGATCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTa < 1:790219/289‑1 (MQ=255) gTCCTGATCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTa < 1:638549/288‑1 (MQ=255) ccTGATCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAAt < 2:2005341/288‑1 (MQ=255) aTCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGCTTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATc > 1:73029/1‑289 (MQ=255) aTCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATc > 2:884851/1‑289 (MQ=255) aTCGAGCGGCGTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGGGGGGCCGGAGTAACCGCCGACGCGACGCCGTTAATGTATc > 1:448056/1‑289 (MQ=255) cggcgTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGCCTCAACGCCGTTAATTTACAAgggg > 2:2011927/1‑288 (MQ=255) cggcgTTTTACCGATCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAggg > 1:1939847/1‑287 (MQ=255) ggcgTTTTACCGTTCTGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAGGGGCt < 1:1694757/289‑1 (MQ=255) tatGGTGAAAAAAGGTAGCCGTTTTTGGAACGTTTCCGGCGTTGCTGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACa < 2:1065771/286‑1 (MQ=255) gttGGTGAAAAAAGGTGGCGTTTTGTGAGACGTTTCCGGAGTTGGTGCCAACTTCAGTATCAGTTGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATGGCCGTCGATGCACCAGAAGAGTCGAAGCCTGCCGAGGCGGAGGATACTTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACAg < 2:549625/287‑1 (MQ=255) gTGAAAAAAGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACAGCTg > 1:2051298/1‑288 (MQ=255) 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aaaaGGTAGCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACAGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACGGCAGACCaa > 2:585897/1‑288 (MQ=255) gCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACAGCTGACTAAACTGGAttt > 1:101300/1‑289 (MQ=255) gCCGTTTCTGGAACGTTTCCGGCGTTGATGCCAACGTCAGTATCAGTGGCGCGAAGGTGAAACTGGAAAGCCTGGCGGCACTGGTTAACGGTGCGATTGCCTTCGATTCACCAGAAGAGTCGAAACCTGCCGAGGCGGAAGATACCTTTGGTCTGTATGAAGATCTGGCCCACAGCCAGCGTGGCGTAATAATAAAACTGGAACTGCCGAGTGGGGCCGGATTAACCGCCGACTCGACGCCGTTAATGTATCAGGGGCTGGAAGTCGGACAGCTGACTAAACTGGAttt > 1:453403/1‑289 (MQ=255) 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