| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 496,851 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 496,851 | 0 | A | T | 99.2% | 561.5 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (133/105); minor base G (0/2); total (134/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,852 | 0 | G | C | 98.8% | 556.0 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (133/104); total (134/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 496,853 | 0 | C | G | 99.6% | 565.3 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (134/106); minor base T (0/1); total (134/107) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGAGTGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGAAGCTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCAGCTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAGC > CP042583/496571‑497130 ||| aTTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTGGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTtgctg < 1:478241/289‑1 (MQ=255) tGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCa < 2:1798245/289‑1 (MQ=255) aTGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATac > 1:2143444/1‑288 (MQ=255) gTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCg > 2:671049/1‑289 (MQ=255) gTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCg > 1:757814/1‑289 (MQ=255) gTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTAGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGCGTGCGGTCATGTCGTTGTTGCAATACAACATGCTGCAAATGCAAACCCCg > 2:1136889/1‑289 (MQ=255) cgcTGGCTGACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTACCTAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGTTATGGACTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTGGAGTGCGGTCCGCTGGTTGCTGCAATACACAAGGCTGCAAACGCAAACACCGGAAGCGAt > 2:1557907/1‑289 (MQ=255) gctggctgACAACTGGCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTAAGCTCGTTGCTGCAATCCACAATGCCGCAACAGCAAACCCCGGAAGCGAt > 2:2171785/1‑288 (MQ=255) ggCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTtgctg < 2:598086/236‑1 (MQ=255) ggCAGATGTCAGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTtgctg > 1:598086/1‑236 (MQ=255) aaggtgtacgCGGCACAGATTGGTGTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATTGTGCGTGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTTGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTTCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAAc < 2:757814/279‑1 (MQ=255) cagCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTtgtg < 1:781787/287‑1 (MQ=255) cagCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTtgt < 1:2163211/286‑1 (MQ=255) cacaGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCG‑TAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAggg < 2:829679/265‑1 (MQ=255) acaGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGgcg < 2:777124/289‑1 (MQ=255) gATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAg < 2:1061393/289‑1 (MQ=255) aTTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAg > 2:2209926/1‑250 (MQ=255) aTTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAg < 1:2209926/250‑1 (MQ=255) ttttCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATg > 1:1398552/1‑250 (MQ=255) ttttCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATg < 2:1398552/250‑1 (MQ=255) ttttCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGACTAACGGGTTGGGGACGGCGCAGAACGTg > 2:514232/1‑289 (MQ=255) tctcTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATCGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGTAAACGCAAACCCCGGAAGCGATCTTGGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGagg > 2:2074798/1‑287 (MQ=255) 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gTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTggg < 1:531841/288‑1 (MQ=255) gaacgcgCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGgcgc < 2:876205/283‑1 (MQ=255) aaCCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAggcgcg > 2:1921615/1‑265 (MQ=255) aaCCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAggcgcg < 1:1921615/265‑1 (MQ=255) aaCCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGcgcg < 1:662593/289‑1 (MQ=255) cGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGATCGTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCTCGTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGc > 2:2253754/1‑244 (MQ=255) 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ATTGACGATGGCGAGCGCGGTGCGGGTACTGTATCCGGCGCTGGCTGACAACTGGCAGATGAGTGCGGCACAGATTGGTTTTCTCTACGCGGCGATCCCGCTCGGCGCGGCTATTGGTGCGTTAACCAGCGGGAAGCTGGCACATAGTGCGCGACCAGGGTTATTGATGCTGCTCTCCACGCTGGGAAGCTTCCTCGCCATTGGTCTGTTTGGCCTGATGCCGATGTGGATTTTAGGCGTGGTTTGTCTGGCGCTGTTCGGCTGGTTGAGTGCGGTCAGCAGCTTGCTGCAATACACAATGCTGCAAACGCAAACCCCGGAAGCGATGTTAGGGCGGATTAACGGTTTGTGGACGGCGCAGAACGTGACGGGCGATGCCATAGGCGCGGCGCTGCTGGGTGGTTTGGGCGCGATGATGACACCGGTTGCTTCCGCAAGCGCGAGCGGTTTTGGTTTGTTGATTATCGGCGTGTTGTTATTGCTGGTGCTGGTGGAGTTGCGACATTTTCGCCAGACGCCGCCGCAGGTGACAGCGTCCGACAGTTAATGCTTAAAACAGC > CP042583/496571‑497130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |