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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,602,162 | 0 | T | A | 98.4% | 434.2 / NA | 188 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (81/102); minor base C (3/0); total (84/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.03e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
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atgcGCTGGCAGAATGAAGCGGTTACTG‑CTATTGCCTAGCCCGAGAATATGAGTGGATTCGCGCGGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGTTAGCGCGGGGGCGATGTTTGCCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTg < 2:1198515/286‑1 (MQ=255) aTCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTg > 2:391763/1‑288 (MQ=255) aTCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTg > 1:1405079/1‑288 (MQ=255) agcaTGAGGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCAGTCGAGCTGACACCGCAGGAGG‑GGGGGGAGTGGTTTCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCg < 2:1037663/288‑1 (MQ=255) gAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGc > 1:1318141/1‑288 (MQ=255) aTTG‑CTCTTGCCTCACCCGATAATATGAATGCATTCGGGCTGAAACCGCAGGAAG‑CGGAGGGGTGGTATCGCGGGCGGGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTTCGCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGCCTCAACTAgg < 1:1012676/289‑1 (MQ=255) ||| GATTCCCGCCTTACCCGCCCCCAAATACAAAGTCGGTAATTTTCCGTTCAGCCCGGTGAAAGATCGCGAAGCTGGACAAATTCGTCAGGCGGCTACAGGTGTTGGCTTAAACTGGGATGAAAACCTGCGCCTCTGGCAGCGTGACAAAGAACTGTGGTTGTTCCCGGTGGGCATTGAAGCCCTGATCGGTAAAGTCCGATTTTCTCGGTTGGGGATTAAACTTGCCGAGACGCAC‑AACAAAGGTTATCGCTGGCAGCATGAAGCGGTTATTG‑CTCTTGCCAGTCCCGATAATATGAATGCATTCGAGCTGACACCGCAGGAAG‑CGGAGGAGTGGTATCGCGGGCGCGATGTTTACCCGCAAGCCGCGCCAGTGGCGGATGATGTATTGGTTACTTTCCAGCATCAACCGATTGGTTTAGCCAAACGGATTGGTAGCCGATTGAAAAACAGCTATCCGCGTGAACT‑GGTGCGCGATGGGAAACTTTTTACCGGTAACGCCTGACAGCGCACAAAAAAAGCGCACTTTTTGACTGGCACATTCGGCTGCCTCAACTAGG > CP042583/1601880‑1602436 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |