| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,605,404 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,605,404 | 0 | G | C | 99.7% | 700.8 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (152/145); total (153/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,405 | 0 | C | G | 99.7% | 703.8 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (153/143); total (153/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,605,406 | 0 | T | A | 99.7% | 716.2 / NA | 299 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (153/145); minor base G (0/1); total (153/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
CGAGCATTGCAGTGGCACTGATCAAACTCCAGACGGCAGCGTGCTGTTGTAAACGCAGAAAACGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGGCTGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACGCTAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGGCTA‑TCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGCACCACTGAATCCTGTTTCAACACCTTCGCTGAAGTTTAAAGTGATTGCCTGCGGTGCAGCTGTCACTTGCGCGTTTGCCGCAGGATACTGATGCGTTAAATGCGCATGTGCCCAGACGGAAGGTGTCACCAAGCTAG‑TGGTCAGGATTGCCAGCGCGTAGCGAAGGGAGCGTGCAGTACTAG > CP042583/1605124‑1605684 ||| gAGCAATGCAGTGGCACTGATCAAAATCCAGAATGCATAGTTATGTTGTAGACGCAGAAAACGATTGGCCAGCAAGCGACTAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGAACCGTACATTGCGAAGCCAAACACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAA‑TCGGc < 2:1996935/288‑1 (MQ=255) 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aaaaCGCTTCGCCAGCAAGCGACGAATCGTCAAGGGGGCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAA‑TCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCttt > 1:1829436/1‑253 (MQ=255) gggggCC‑GCCAGGCACGCGACATTGGGAAGCCAAAAACCAGACACAGGGAGGTGAAATGGATAAATCGGAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTTGAGTGTCCTTTCGTGTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAA‑TCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGca < 2:168254/288‑1 (MQ=255) gggCCAGCCAGGCACCGTACATTGCGAAGCCAAAAACCAGCATCAGCGAGGTGAAATGGATAAATCGCAGCGCGATCCAGGTAAACGCCAGCATGATTTATTTCACGCTAAAGGTGTAGTGTCCTTTCGTTTTATGCCCGTCCACCGAAACAACATGCCAGTCAACGGTGTAGGTTCCGGGTTTCAGCGAA‑TCGGCCAGTGGAACAATCAGTTGCTTTTGGTCCTGCTCATTTCGCTTCGCCGGTAATGTTTTAATATTTTCGTTTTTTGGCCCCGTGATTTTTGca < 1:1529351/287‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |