| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 497,616 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 497,616 | 0 | G | C | 99.2% | 560.5 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 497,617 | 0 | C | G | 99.2% | 551.6 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (117/121); total (119/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 497,618 | 0 | T | A | 99.6% | 567.1 / NA | 242 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (119/121); total (119/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TGATGTCATGGCGTTTACCCTGACTTTGGCTGGCATTTAACCCTGCGGGTAACTTCGCCAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCACTTTCTGGCGTCCAGAGATTGGCACTGTGTGCAGCGGCAGTATAGACAATGGCAGTGACCGGCTGCGGCGGTAATTTGATTTGCTCTTTCGCCGCCGCCAGTTGCTTATCAAACTGCGCAATCCGCTCTGCCGCTTGTTTCTCATGCCCGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGGCTCTGCCAGCTTTTGTCGTCGTAATTGATGATTAATGTCGGGGCGATGGTGGAAAGCTGATCATACAGTGCCAGCGCGCTA‑TCCCCGCCGGTTGCGCTAATTAAAATCAGATCCGGCATTTGCGCGGCAACGGCTTCGGCGCTCGGTTCGCCGATATAGAGCCGTTGCAGTTTGCGTTCTTTCGCCACCTTGCTCCACTGGCGTAAAAAGCCCTGGTCATCCGCGACGCGGTTATTCGGCGTGGTCGCGCCGCTGGCGATCACCGGAGCATCAATCGCCA > CP042583/497342‑497896 ||| tgatgTCATGGCGTTTACCCTGACTTTGGCTGGCATTTAACCCTGCGGGTAACTTCGCCAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTGGCACTGTGTGCAGCGGCAGTATAGACAATGGCAGTGACCGGCTGCGGCGGTAATTTGATTTGCTCTTTCGCCGCCGCCAGTTGCTTATCAAACTGCGCAATCCGCTCTGCCGCTTGTTTCTCATGCCCGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGCtttt > 1:1484746/1‑289 (MQ=255) tgTCATGGCGTTTACCCTGACTTTGGCTGGCATTTAACCCTGCGGGTAACTTCGCCAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTGGCACTGTGTGCAGCGGCAGTATAGACAATGGCAGTGACCGGCTGCGGCGGTAATTTGATTTGCTCTTTCGCCGCCGCCAGTTGCTTATCAAACTGCGCAATCCGCTCTGCCGCTTGTTTCTCATGCCCGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCCACTTCCACCTTTTgtc > 2:1229451/1‑289 (MQ=255) gTCATGGCGTTTACCCTGACTTTGGCTGGCATTTAACCCTGCGGGTAACTTCGCCAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTGGCACTGTGTGCAGCGGCAGTATAGACAATGGCAGTGACCGGCTGCGGCGGTAATTTGATTTGCTCTTTCGCCGCCGCCAGTTGCTTATCAAACTGCGCAATCCGCTCTGCCGCTTGTTTCTCATGCCCGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGCTTTTgtcg > 1:924871/1‑289 (MQ=255) tCATGGCGTTTACCCTGACTTTGGCTGGCATTTAACCCTGCGGGTAACTTCGCCAGCGTAAAGCCGAGTTGTTCCAGCATCTGCCCTTGTGCTGATTCTGGCGTCCAGAGATTGGCACTGTGTGCAGCGGCAGTATAGACAATGGCAGTGACCGGCTGCGGCGGTAATTTGATTTGCTCTTTCGCCGCCGCCAGTTGCTTATCAAACTGCGCAATCCGCTCTGCCGCTTGTTTCTCATGCCCGGTAATTTCGCCAAGTTGCGTTAACAGCGACTGCCAGCTTTTgtcg > 1:760945/1‑288 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |