Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,617,785 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,617,785 | 0 | A | T | 100.0% | 653.0 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,617,786 | 0 | G | C | 100.0% | 645.8 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (144/129); total (144/129) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,617,787 | 0 | T | A | 99.3% | 639.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (143/126); total (144/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
CGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAAAGTTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATAGTCTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTAGTGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCG‑‑GTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGG‑CACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCTGCGGGTACCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGAC > CP042583/1617511‑1618066 ||| cGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAATCATACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATTCACTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAAGCTCTTCATCCGCCGTTGc > 2:2229061/1‑288 (MQ=255) 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CGAACCGACGGTGAATCGTTTCTGTCGCAGCATGGACACGCGCGGTTTTCCTGATTTTAAACTTCATCTGGCACAGAGTCTGGCGAATGGCACTCCCTATGTTAATCGCAATGTCAATGAAGATGACAGCGTTGAAAGTTACACAGGGAAAATATTTGAGTCCGCAATGGCAACGCTTGATCATGTCCGTCATAGTCTGGATAAATCTGCCATCAACCGCGCCGTCGACTTGCTCACTCAGGCAAAAAAAATCGCCTTTTTCGGATTAGGCTCTAGTGCCGCCGTTGCCCACGATGCGATGAATAAGTTCTTTCGTTTTAATGTTCCG‑‑GTGGTGTACTCCGATGATATCGTGCTGCAACGCATGAGTTGTATGAATTGTAGCGACGGAGACGTGGTGGTGCTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGG‑CACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTGCCCTCACCTCTGCGGGTACCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGAC > CP042583/1617511‑1618066 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |