Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,618,196 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,618,196 | 0 | A | T | 100.0% | 651.0 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,618,197 | 0 | G | C | 99.3% | 642.3 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (139/134); minor base T (0/2); total (139/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,618,198 | 0 | C | G | 99.6% | 654.7 / NA | 275 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (138/136); total (139/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CTGATTTCTCACACTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAAAGCCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCGCGGCGTTATTTCATTCGGATTTCATGTTCAAGCAACACCTGGTTGTTTCAGTCAACGGAGTATTACATGTCCAGAAGGCTTCGCAGAACAAAAATCGTTACCACGTTAGGCCCAGCAACAGATCGCGATAATAATCTTGAAAAAGTTATCGCGGCGGGTGCCAACGTTGTAC > CP042583/1617911‑1618473 ||| cTGGAAGAACAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCa < 1:2014092/289‑1 (MQ=255) agaaCAGAAAATCTGGGCGGGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACATCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTa < 2:1715641/288‑1 (MQ=255) aaCAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTACCCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGACGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGCCTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCTACGCGGTGCAAAATTCAGAGATACCTTGAGGCGGGTCCAATCACGGCTGAACGAATCCCGTTTTGCTTAGCATTTCCt > 2:1488546/1‑289 (MQ=255) cAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCa > 1:629757/1‑280 (MQ=255) cAAAAAATCTGGTCGAGCTGGCGCAGCTGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCa < 2:629757/280‑1 (MQ=255) gaggcgggCACACGAAACCGATGCAATGGTGATTG‑CCACGACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTaaaa < 2:1660054/282‑1 (MQ=255) tGGCACGCGAAAACGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGac < 2:1821293/288‑1 (MQ=255) 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aaaCGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTcc < 2:644313/289‑1 (MQ=255) aaaCGACGCCATGGTGATTG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTGATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTcc < 1:848201/289‑1 (MQ=255) cATGGTGATTG‑CCCTCACCCATGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCCACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCt < 2:1628787/286‑1 (MQ=255) ttG‑CCCTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATc < 2:789466/289‑1 (MQ=255) cTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAAt < 1:1147834/289‑1 (MQ=255) cTCACCTCTGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTGAATTTAAGTGACGATCGCTACAAACCAACGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAAt > 2:1363032/1‑289 (MQ=255) 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tGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTg < 1:526448/206‑1 (MQ=255) tGCGGGTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTaa > 2:762569/1‑289 (MQ=255) gTA‑CCCCGCTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGACTGAGATTAATTTa > 1:358749/1‑288 (MQ=255) 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cTCGCCCGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATc > 1:744803/1‑288 (MQ=255) ccGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCgcggcg < 1:1307560/289‑1 (MQ=255) ccGGGAAGCAACGCTGGCAATTACCCTCGACGTACCGGAAGATACTGACATTTATATGCCCATGGTTTCTCGACTTGCACAGCTGACCGTGATAGATGTGCTGGCGACAGGATTTACTTTGCGACGCGGTGCAAAATTCAGAGATAACTTGAAGCGGGTCAAAGAAGCGCTGAAGGAATCGCGTTTTGATAAGCAGTTACTTAATTTAAGTGACGATCGCTAAAAACGACTGTCACTGTCCTAATCTTATACGACATCCGAATGAGATTAATTTATCGCCATCgcggcg < 1:1482290/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |