Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,624,023 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,624,023 | 0 | A | T | 99.7% | 825.0 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (175/168); minor base G (0/1); total (175/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,624,024 | 0 | G | C | 100.0% | 821.2 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (175/169); total (175/169) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,624,025 | 0 | T | A | 99.4% | 819.9 / NA | 344 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (174/168); minor base C (1/1); total (175/169) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
CTCTGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCG > CP042583/1623743‑1624302 ||| cGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 2:1426683/288‑1 (MQ=255) aCGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCgtggtg > 2:2061253/1‑289 (MQ=255) tgtACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGaacaa < 2:276894/289‑1 (MQ=255) gtACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGaacaa < 1:241402/288‑1 (MQ=255) tAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGTATTGCTGTGCCTGAATGCACACATTTGTTGTTCCGTCCCACCGGACGTTGTTTTCCTGCATCCTGCGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGGACTAATGGGt > 2:1052314/1‑287 (MQ=255) gcgcGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCg < 2:2148087/266‑1 (MQ=255) cgggCATTGTTAAATCGCCAGAAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTTAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGtatctat < 2:1241801/285‑1 (MQ=255) aGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCg < 1:1205319/288‑1 (MQ=255) aGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCg > 1:1931156/1‑288 (MQ=255) aTTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGcc < 1:755298/287‑1 (MQ=255) 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cccGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGTAGTTGTTTCCCTGCATCCGGTGTTTCTTTCAATGTTTGGTCCTCTTGGTGCTGAAAAACTGGGTGTCTATCGCCATCATCATAACCa > 2:1580134/1‑288 (MQ=255) cccGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTAAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGcc < 1:1438105/275‑1 (MQ=255) cAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTc < 1:131135/289‑1 (MQ=255) 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tAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGACTTGtt > 2:59630/1‑272 (MQ=255) ggCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCt < 2:153096‑M1/289‑2 (MQ=255) ccAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTTCAATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCa > 1:1107579/1‑243 (MQ=255) 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CTCTGGTGGCGAAACGCAGCGTGTACTATTAGCGCGAGCATTGTTAAATCGCCCGCAATTATTAGTGCTGGATGAACCCACTCAAGGCGTGGATGTAAATGGCCAGGTGGCGTTATATGACCTTATTGACCAACTGCGTCGTGAACTGGATTGTGGCGTTTTAATGGTTTCTCACGATCTGCATCTGGTGATGGCAAAAACCGATGAAGTGCTGTGCCTGAATCACCACATTTGTTGTTCCGGCACACCGGAAGTTGTTTCCCTGCATCCGGAGTTTATTAGTATGTTTGGTCCTCGTGGTGCTGAACAACTGGGTATCTATCGCCATCATCATAACCATCGTCACGATTTACAGGGACGAATTGTTTTGCGTCGGGGAAATGATCGCAGTTGATTTAACGTCGGGGAAATGATCGCTCATGATTGAATTATTATTTCCCGGTTGGTTAGCCGGGATCATGCTCGCCTGTGCCGCGGGTCCGCTGGGTAGCTTTGTAGTCTGGCGTCGTATGTCTTATTTCGGTGATACGCTGGCTCATGCCAGTTTACTTGGCGTCGCG > CP042583/1623743‑1624302 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |