| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,624,741 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,624,741 | 0 | A | T | 99.4% | 805.0 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (150/186); minor base G (0/2); total (150/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,742 | 0 | G | C | 99.4% | 786.1 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (147/187); total (150/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,743 | 0 | C | G | 100.0% | 799.5 / NA | 338 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (150/188); total (150/188) | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
CGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTG‑TCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTG‑GTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTC > CP042583/1624461‑1625021 ||| cGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCTGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTg < 1:1352234/289‑1 (MQ=255)cGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCATAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTg < 1:1952459/289‑1 (MQ=255) gTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGa > 1:2234836/1‑289 (MQ=255) tGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGTCAATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTcc < 1:160118/289‑1 (MQ=255) 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CGTGAGTCTGATGTCTAATATTCGTGTTGATTTGATGGCTTACCTGTTCGGTGATTTGCTGGCAGTGACGCCAGAAGATCTCATCTCTATTGCGATTGGCGTGGTCATCGTGGTGGCTATTTTGTTCTGGCAATGGCGCAATTTGCTGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTG‑TCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTG‑GTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTTCGGTATCTCTGGTAGTC > CP042583/1624461‑1625021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |