| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,624,885 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,624,885 | 0 | A | T | 98.5% | 634.6 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (107/161); minor base G (3/1); total (112/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,886 | 0 | G | C | 98.9% | 624.9 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (109/160); total (112/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,624,887 | 0 | C | G | 99.3% | 633.5 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (110/161); total (112/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTG‑GTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTT‑CGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCGCGTCGTCGCCATACGCCCACGCGG > CP042583/1624607‑1625162 ||| tgtcaaTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCt < 1:1112568/284‑1 (MQ=255)tgtcaaTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCt < 1:2016700/284‑1 (MQ=255)tgtcaaTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGGGGTAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGTTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCt < 1:1831104/284‑1 (MQ=255) aTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCTAtgtg < 1:468335/289‑1 (MQ=255) aTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCTAtgtg < 1:1913839/289‑1 (MQ=255) aTGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTAGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCTAtgtg < 2:1710353/289‑1 (MQ=255) cGATAAGGCCGGATCTGGCGTTTTTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCTATGTGCgg < 2:1545203/288‑1 (MQ=255) cGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCTATGTGCgg > 1:452405/1‑288 (MQ=255) cGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCTATGTGCgg < 1:217839/288‑1 (MQ=255) gATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTTCGTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTG‑GTGCTATGTGCGGCa < 1:707124/289‑1 (MQ=255) 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TGAGTATGACGATAAGCCCGGATCTGGCGTTTGTTGATGGTGTGAAATTACAGCGAGTGAAATTGTTGTTGATGCTGGTGACGGCATTGACGATTGGTGTAGCGATGAAATTTGTCGGTGCGTTGATTATTACTAGCTTGCTGATTATTCCTGCTGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGCACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTGACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGGTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGAGCGTG‑GTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACGGTT‑CGGTATCTCTGGTAGTCCTGGTAAGACGCGAACAGCGTCGCATCAGGCATATTGCCAGTGCCGGATGCGGCGCGAGCGACCAATCCGACTTACGGCATTTCTGGCGGCGTTATGCCAAAGTGATTCCACGCCCGCGTCGTCGCCATACGCCCACGCGG > CP042583/1624607‑1625162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |