Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 498,791 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 498,791 | 0 | A | T | 99.6% | 628.3 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,792 | 0 | G | C | 99.6% | 625.7 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (121/142); total (121/143) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 498,793 | 0 | C | G | 100.0% | 626.3 / NA | 264 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (121/143); total (121/143) |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TCTTTATGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGG‑ATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGTTT > CP042583/498516‑499071 ||| tatgtcgccGTACCGCAGTTTTACGACGTCAGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGG‑ATTCGACCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGAGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCTGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGa > 1:692836/8‑288 (MQ=255) 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ttcgcccGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCAcgcc > 2:1357155/5‑288 (MQ=255) cgcccGACAGTCCATTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGTCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGAGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTTAATCCTCGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAACTTCAGCACGCCGTCTCACCCGCAGACAGTCGATGAATGTGGTGGCACGCCAGGCAACTCCGGAGCAAACCACGTTTTAACAGATGGTTGCCAGAGGCGCCCCACTTCCCGCCACACCGCa > 2:1560019/3‑289 (MQ=255) gACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TTCGTCGCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGTCGTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGTCGCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAAc < 2:864897/233‑1 (MQ=255) 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TCTTTATGAGCCCGTACCGCAGTTTTACGACGAGTGGATGTTTCGCCCGCTTCGATGAACCGGCTGTGAACGGGG‑ATAGCCCCGACAGTCCCTTCCAGCAAAAACTCGCCGCGCTGTTTGCCGATGCCAAAGCGCAGGGCATCAAAAATCCGGTGATGGTCGGGGCGATTCCCTTCGATCCACGTCAGCC‑TAGCAGCCTGTATATTCCTGAATCCTGGCAGAGCTTCTCCCGTCAGGAAAAACAAGCTTCCGCACGCCGTTTCACCCGCAGCCAGAGCCTGAATGTGGTGGAACGCCAGGCAATTCCGGAGCAAACCACGTTTGAACAGATGGTTGCCCGCGCCGCCGCACTTACCGCCACGCCGCAGGTCGACAAAGTGGTGTTGAGTCGGTTGATTGATATCACCACTGACGCCGCCATTGATAGTGGCGTATTGCTGGAACGGTTGATTGCGCAAAACCCGGTTAGTTACAACTTCCATGTTCCGCTGGCTGATGGTGGCGTCCTGCTGGGGGCCAGCCCGGAACTGCTGCTACGTAAAGACGGCGAGCGTTT > CP042583/498516‑499071 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |