Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,637,687 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,637,687 | 0 | G | C | 99.0% | 665.5 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,637,688 | 0 | C | G | 99.3% | 664.8 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (130/154); total (132/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,637,689 | 0 | T | A | 99.3% | 660.4 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base A (128/153); total (132/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCGCTTGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGC > CP042583/1637406‑1637968 ||| gtagtagtgtctcgtCGCCGCGACCTGTCGCGGGTGGCGGTGGATTATGCAGTTAGCTTTTTCTCACCTTTGGATGCTCAATCCGCGCCGTAGTGTGTACCGGATCCGACGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCATCGCGCCTGTTGAAGACACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCAGGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGc < 2:948624/275‑1 (MQ=255) 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gCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTCCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCt > 2:249829/1‑207 (MQ=255) gTG‑C‑TGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGc > 1:1196819/1‑289 (MQ=255) ||| TGTTCCCAGCTCACCTGTACATAGGTATCTTCGCCACGACCTTTCGCCGGTTGCAGTGGATTATCGAGATAGCTTTTTCTCACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTACTAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTG‑C‑TGCGCTTGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAATGTCATAACTTCCTCCCTGATCAACGAGGATCACTGTTTCTCGGTAATATCTTTGGCGTTGTACTGGAAATACCGCGTTAAAATGTCCAGTTCGTTTTCGCTCATGCTGGTTCGTGCCCCCATTCCTTTGGCAATGGACGGCCACGCATTGACGGTGTAATGGTCGGCGGCAATAGGGGCATGACAACCAGCGCAATAGGTATCGTCAAGTTTTTCAGC > CP042583/1637406‑1637968 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |