Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,640,034 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,640,034 | 0 | G | C | 100.0% | 656.1 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,640,035 | 0 | C | G | 99.3% | 639.9 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (150/123); minor base T (2/0); total (152/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,640,036 | 0 | T | A | 99.6% | 645.8 / NA | 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (150/124); total (152/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
CCTAATTCGCGGACCGTGCGCACATCCTCAAGAATGGCGGCAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAAGCTCGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCGCTCTGCTCGCTGGCAACGATCTCTTCAATGGACCACGGATGAAACTTAATAGTTGTTTTGCCATCGGTGACCGCCAGCGTCGGATTCGGTAATCGCTCATGCTCACCTTTTGGGCTACTGGTTTTCACACTGATCCCCGGTAGGCTGAGTCCTTCATCAGAAAGCAATGCCAGCGCACGGGCATTCAGCGTTTCTGGATCACCCGGCAGAACGATTTCAATATGTTCCCAACCTTCGTGTGGGTAACGTTTTTCCCCGGGCCACGGTAGCTCCACAATAG > CP042583/1639758‑1640314 ||| ccTAATTCGCGGACCGTGCGCACATCCTCAAGAATGGCGGCAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAACGACGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCCGACTGCTCGCTg > 1:1864025/1‑289 (MQ=255) ccTAATTCGCGGACCGTGCGCACATCCTCAAGAATGGCGGCAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAACGACGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCCGACTGCTCGCTg > 1:1315910/1‑289 (MQ=255) tCGCGGACCGTGCGCACATCCTCAAGAATGGCGGCAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAACGACGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCCGACTGCTCGCTGGCAACg < 1:1108123/289‑1 (MQ=255) tCGCGGACCGTGCGCACATCCTCAAGAATGGCGGCAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAACGACGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCCGACTGCTCGCTGGCAACg < 1:707410/289‑1 (MQ=255) 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ggcggcAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAACGACGGCGTTAAGCCCCCCTCCTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACCTTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTATTCCTTAATTACGCCGACTGCTCGCTGGCAACGATCTCTTCAATGGCTCACGGATGAACCtt > 1:1158390/1‑289 (MQ=255) gggcAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAACGACGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCCGACTGCTCGCTGGCAACGATCTCTTCAATGGACCACGGATGAAACTTaa < 1:1429079/288‑1 (MQ=255) caccGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAACGACGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCCGACTGCTCGCTGGCAACGATCTCTTCAATGGACCACGGATGAAACTTAATAGTTGTTTTGCCATCGGTGACCGCCAGCGTCg > 2:959703/1‑289 (MQ=255) 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CCTAATTCGCGGACCGTGCGCACATCCTCAAGAATGGCGGCAAACTCACCGTCGCTGTAGCAAAAATCACCACCGCGTGGGCGAATTATCGGATGCACAGGGATCGTCACCCGCTGGCGCACGGATTTCAGTACACCCAAGCTCGGCGTTAAGCCCCCCTCTTTTGGGGCTGCGCATAATTCAACTCTGTCTGCGCCGTTTTGCTGCGCCGTTAGTGCACATTCCATGCTGTAACAGCAAATTTCCAGTAATGCCATTTTTACTCCTTAATTACGCGCTCTGCTCGCTGGCAACGATCTCTTCAATGGACCACGGATGAAACTTAATAGTTGTTTTGCCATCGGTGACCGCCAGCGTCGGATTCGGTAATCGCTCATGCTCACCTTTTGGGCTACTGGTTTTCACACTGATCCCCGGTAGGCTGAGTCCTTCATCAGAAAGCAATGCCAGCGCACGGGCATTCAGCGTTTCTGGATCACCCGGCAGAACGATTTCAATATGTTCCCAACCTTCGTGTGGGTAACGTTTTTCCCCGGGCCACGGTAGCTCCACAATAG > CP042583/1639758‑1640314 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |