Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,642,807 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,642,807 | 0 | A | T | 99.7% | 736.3 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,642,808 | 0 | G | C | 99.7% | 720.1 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (166/137); total (168/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,642,809 | 0 | T | A | 99.0% | 736.2 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (168/135); minor base C (0/3); total (168/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.06e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
CTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTAGTGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATAGTGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAAAGTTGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATATAGAACAAGTGCCACGCACAGGTGTAAAAAAACCTGATACCGAACAACTTAACTTGCTTAAAAAAAGTCAGCGAGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTAGTAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGA > CP042583/1642527‑1643087 ||| cTGTAGAGCGTATGTAATCGATTTTTCGTGAGAGTGAAGCCTGATCAGGGTTAGCCGATCAGGCTTTTTTATTGCCATCTAAATGTATTCTGAAAATGGACATGCCATTGTTTTCTCACTGTTGGATAAGAGGCCAGAAGCGTAATATCCGGCCCCAGGGAAACGATAACGGTTGAATTTAAGGAATACCGCAGTGTTTAAATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATc > 1:1101753/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |