Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,643,008 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,643,008 | 0 | A | T | 100.0% | 839.7 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,643,009 | 0 | G | C | 99.7% | 830.3 / NA | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (184/163); minor base A (1/0); total (185/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,643,010 | 0 | T | A | 99.4% | 842.9 / ‑3.2 | 348 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (184/162); minor base G (1/1); total (185/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 |
Only 100 of 348 total aligned reads displayed.
ATTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTAGTGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATAGTGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAAAGTTGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATATAGAACAAGTGCCACGCACAGGTGTAAAAAAACCTGATACCGAACAACTTAACTTGCTTAAAAAAAGTCAGCGAGCCTGGCTGGATTTTAGGGACAAAGAATGTGAATTAATCCTTAGTAATGAGGACGTTCAGGATTTAAGTGACCCTTATTCTGAAAGTGAATGGCTCAGTTGTATGATCATACAGACCAATACGCGAACTCGCCAGTTGCAGCTATACCGTAACTCTGAAGATTTTTATCCAAGCCCTTTGACAAGAGGATAATTCACATCTTTTTGGCATGTTTTGTTGCAAGCTATTCCTGATAAATAATTGCAACAAGACATCGAGCCTTTTTCACTGAG > CP042583/1642728‑1643288 ||| aTTTCTTGTATTAACATTAGGCATTATCTCTTGCCAGGCTTACGCAGAAGATACGGTTATAGTAAACGACCATGACATTTCAGCCATCAAAGATTGTTGGCAAAAAAATTCAGATGATGATACTGACGTTAACGTGATCAAATCATGCCTGCGACAAGAATACAATCTCGTCGATGCGCAATTAAATAAAGCCTATGGTGAAGCTTATCGTTATATAGAACAAGTGCCACGCACAGGTGTAAAAAAACCTGATACCGAACAACTTAACTTGCTTAAAAAATCACAGCGa > 1:1637354/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |