Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,654,627 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,654,627 | 0 | A | T | 99.7% | 743.5 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (159/150); minor base C (1/0); total (160/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,654,628 | 0 | G | C | 99.4% | 728.9 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (157/148); minor base T (0/2); total (160/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.38e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,654,629 | 0 | T | A | 99.7% | 743.1 / NA | 310 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (159/150); minor base C (1/0); total (160/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 312 total aligned reads displayed.
TAAGCTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATAGTACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGAGTTTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTAGTAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGGCGCTGGGTTACGCCGGTGTGGCGCTGGCGGTACTGGCATTGATTATCCCTAGCCTGTTGACCTGGCAAAGCAGAAAGCACAATCCTCAGGCGGGTTACCGGGTCAAAGGTGGTCGTCCGGCGCTGGTGGTGGTGTTTCTCTGTGGTATTGCTGTGATTGGCGTGCAATTTTTGATTGCGGCAGGGTTGTTAC > CP042583/1654350‑1654912 ||| cTACGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTtggtg > 2:958118/1‑289 (MQ=255) aCGCTGGGTGTTTATATTCGGTAGTGGGATCCGCCTGGTGGCATATATTTGCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGGTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGGGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGa < 1:550966/289‑1 (MQ=255) aCGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGa < 2:2030221/289‑1 (MQ=255) cGCTGGGTGTTTATAATCGGTAGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGAc < 1:1107161/289‑1 (MQ=255) 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aGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGa < 2:309825/267‑1 (MQ=255) aGTGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAAtt > 1:2103280/1‑288 (MQ=255) tGCGATCCCCCTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCCGCGTTCAAATACCGTTTGTGGACGGTTTCAAATTGGGTCAATTACg > 2:1456732/1‑289 (MQ=255) 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ccccTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTg > 1:1395584/1‑288 (MQ=255) ccccTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGAGTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGCCGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTg > 1:2078733/1‑288 (MQ=255) ccccTGGTGGCATATATTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGACTTAGGCTTATTTGATTATCTTGCTCATTTATTCCAGCGTCCAAATACCGTTGGTTGACGGTTGCAAACTTGTTGAATTACGTTTcct > 2:561391/1‑286 (MQ=255) tatatTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGt > 1:1068441/1‑289 (MQ=255) tatatTTTCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGt < 1:662202/289‑1 (MQ=255) ttttCTGGCAGGTGTCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGATGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGc < 1:2205438/289‑1 (MQ=255) tttCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCa < 1:1696927/289‑1 (MQ=255) tgtCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCa < 2:1699586/287‑1 (MQ=255) tCTGGCAGGTGGCGACGCTTGGCAGCATTGATTCAACAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAAc > 2:2207547/1‑250 (MQ=255) 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ttgattcaaCAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGgc > 2:760035/9‑289 (MQ=255) tgattcaaCAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCa > 1:1855938/8‑259 (MQ=255) tgattcaaCAACCTTTATGGGATTGCTGGCTAATCATGCTGGATTAAACGGGCTGTTACAGGCGTTACGCGAAATGGTGGCCTCTCCGCATGTTGAGCTGGCAGTGCATTTATTTGCTGATTTAGCCCTCGCCACGTCATTTCTCGGCGTTGCGTTAGGCTTATTTGATTATCTGGCTGATTTATTTCAGCGTTCAAATACCGTTGGTGGACGGTTGCAAACTGGTGCAATTACGTTTCTGCCGCCGTTGGCGTTTGCACTGTTTTATCCACGAGGATTTGTGATGgcg < 2:1557549/282‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |