Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 501,993 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 501,993 | 0 | A | T | 99.1% | 532.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (122/105); minor base C (1/1); total (123/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 501,994 | 0 | G | C | 98.2% | 515.1 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/3); new base C (118/103); total (123/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 501,995 | 0 | C | G | 99.6% | 543.2 / ‑4.9 | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (123/106); minor base . (0/1); total (123/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
TATGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGAGCCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATAGCGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCATCGACGCCTGGTGGAAGCTACTCTCCCGCGAGGTGAAATAATGGATTTCAGCGGTAAAAATGTCTGGGTAACCGGCGCAGGTAAAGGTATCGGCTACGCCACGGCGCTGGCGTTTGTTGAGGCGGGAGCGAAAGTTACAGGTTTTGATCAAGCGTTCACTCAGGAGCAATATCCCTTTGCGACCGAAGTGATGGATG > CP042583/501714‑502274 ||| tatGCCCACATTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCa > 2:2255964/1‑289 (MQ=255) cacaTTGGCTGTATGACCACCGCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGGGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGGTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGGGGATGATgg > 1:1721056/1‑289 (MQ=255) gCAACCGCCGAATTTTTGCGCGATATTAAACCGTTTGTGGTGGCGGATGCGCGTGCCGGTTTCAGCCGGGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCCCCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCa < 2:568285/289‑1 (MQ=255) gCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCa < 1:1620713/289‑1 (MQ=255) gCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCa < 1:1257415/289‑1 (MQ=255) gCAACCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCa < 1:225789/289‑1 (MQ=255) cgaacgagaggaTTTATGGGCGAAATTAAACCGTTGATGGGGGCGGATGCGCTGGCCGGTTTAGGGGCTGACGAGCATTTGATGTAGCTGAAATATGTGGCCGGACGGTCTGGCCGGGGGGTGATGACTAAAGAATTACGGCCAGAACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTGGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGGTGGCGGCGCGCTGGCGCa < 2:1757700/278‑1 (MQ=255) aaCCGACGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTAGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCGGCCGCaaa > 2:153405/1‑289 (MQ=255) cGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTATGGTGGCGGATGCGCGGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCa < 1:418201/288‑1 (MQ=255) cGCATTTATGCGCGATATTAAACCGTTTAAGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATGTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCATCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCaa < 1:221764/282‑1 (MQ=255) 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tttATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGACCGACTACGGGCTGGATTCGGTGCGCATTAGTGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGGAACGTGCCTGGGGATATCGAATCTGTCATGCTgg > 2:447578/1‑289 (MQ=255) tATGGTGGCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCg > 1:1999188/1‑289 (MQ=255) ggCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCa < 1:2162157/255‑1 (MQ=255) ggCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCa > 2:2162157/1‑255 (MQ=255) ggCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGaaaaa > 2:186079/1‑288 (MQ=255) ggCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGACCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACACCCTGATCGACTCCGGTCTGGACTCGGTGCGCCTGATGGCTCTGGCGGCGCGCTCGCGCTAAGTGTCCGGTGATATCCCCTTGGTCCTGCTGGCGagaca > 2:1442922/1‑284 (MQ=255) gCGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAAc < 1:1217909/288‑1 (MQ=255) cGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGgcgc > 2:1129464/1‑245 (MQ=255) cGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAAccc > 1:811006/1‑289 (MQ=255) cGGATGCGCTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCCGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAAcc > 2:938103/1‑288 (MQ=255) cgcTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCATGCTGGCGAAAAACCCGACCa > 1:521317/1‑288 (MQ=255) gcTGGCCGATTTCAGCCGTGACGAGCATTTGATGTCGCTGAAATATGTGGCCGGACGTTCTGGCCGGGTGGTGATGACTGAAGAATTACTGCCAGCACCTATCCCCGCCAGCAAAGCGGCGCTGCGTGAGGTGATCCTGCCGTTGCTGGACGAGTCCGATGAACCGTTCGATGACGACAACCTGATCGACTACGGTCTGGATTCGGTGCGCATGATGGCGCTGGCGGCGCGCTGGCGCAAAGTGCATGGTGATATCGACTTTGTCCTGCTGGCGAAAAACCCGACCATc > 1:694840/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |