Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,669,667 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,669,667 | 0 | G | C | 99.7% | 688.5 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,668 | 0 | C | G | 99.7% | 680.8 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (143/146); total (144/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,669,669 | 0 | T | A | 99.3% | 680.6 / NA | 290 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (142/145); total (144/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTAACTATCGGTTACACTTATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGAACTAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGA > CP042583/1669393‑1669947 ||| tGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCAc > 2:1591229/1‑289 (MQ=255) cTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGt < 2:566079/288‑1 (MQ=255) tGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGttt > 1:31561/1‑289 (MQ=255) aGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTa > 1:986916/1‑289 (MQ=255) 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tGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTg > 1:113027/1‑288 (MQ=255) tGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAC‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTg > 1:2099857/1‑288 (MQ=255) cgGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCcgcg > 1:131646/1‑288 (MQ=255) 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ataatGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGccacc < 2:338310/289‑1 (MQ=255) aatGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCaa < 1:425219/289‑1 (MQ=255) tGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATCGATTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCCGAG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGtttt < 1:1551171/289‑1 (MQ=255) 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CTTTATGGCTGAGGGTGATGTCGCGGATATCTTCATTAAAATGATGCGTCGCCGGATCGCAATAATGGTTGGCTTTATAAGTGCGTACCGCATGTTTGTTCCATTCGCTGGTAAACACGCACTGTCCGCCAATGCTTTCAAAACCGCGACGGATGCCGCCAATTCCGGCGAATAGATCGATAAAGCGAAACGCATAATGCGGATGATGTGCCGGTGGTTTGGGTAATAACGTTTGCAGATGGGCGAACTCTTTCTCACTTAAACGGTGCCATGCGCTG‑TCATTCGCCAGCGCACGTTTTAAAATTGCCGCGCTCCAGTGATTCTCACCTACACCATTAAGCTGCGCCACCAACGTTTTAACATCATAAATTTGCAGCAGTTTCTCCAGCATTGCCTGTGCGGCATTCCCGGTGCTGTAACTATCGGTTACACTTATATTTTCCTGCATAGATTTCACCGGCCATCTGAGATGGCCGACAGGTTAACATAATTACAGCCATTTAGGGCCACGCGCTCAGCCAGCGGAACTAAACGCATCTATCACCTTGTGATCGA > CP042583/1669393‑1669947 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |