Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,676,503 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,676,503 | 0 | A | T | 99.5% | 502.1 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (115/94); minor base G (0/1); total (115/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,676,504 | 0 | G | C | 99.5% | 498.6 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (114/95); minor base A (1/0); total (115/95) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,676,505 | 0 | C | G | 100.0% | 499.0 / NA | 210 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (115/95); total (115/95) |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
CGCAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCAGCGTAGCAACGGCAGCATTTAGTTTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGCACATTTTGAACCAGCAAACAGGAAAACCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAATACCGCCAAAACAGATAAGGATGGACGAATTAAGGCACTGTGGCCCGAGCAAACTGCAACTACGGGCGATTACCGTGTCGTATTTAAAACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAG > CP042583/1676227‑1676783 ||| gcAAGATAAAGCCCATCTCTGCCATCAGAAACGGCATCGATGACATAACCCGCTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGgc < 2:610207/289‑1 (MQ=255) 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cTTCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAAAGGCAGCATTTTCATTACCTTCTTTGGTTAATGCCTCACAACAAAACATTCTTAGc > 1:2110791/1‑289 (MQ=255) tCGGAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCATTTTCATTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGt > 1:1394786/1‑289 (MQ=255) ggAAAGCCCCTGCGTTACCCATTCCTGGGTCCTTTGATTATCTTCAATAAGTAGAATCTTCATGAAAATAATATGCCATAAATCATATGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCATTTTCATTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGc < 2:78511/289‑1 (MQ=255) 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atGTTATAGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCATTTTCATTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGCACATTTTGAACCAGCAAACAGGAAAACCCGCTGCTGACGTGACAGTAACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACtt > 1:1963029/1‑289 (MQ=255) tataGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTCAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCATTTTCATTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGCACATTTTGAACCAGCAAACAGGAAAACCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAAt > 2:436687/1‑288 (MQ=255) ataGAAACAGCCTGGTTCATTACAAAATTGTAATGCTGCTGTAAGGTTACCCTGGACGCTTTTTCGCTATCCTAAAAACTCATTCACATGACAAGGATATAAACATGTTAAAGCGTTATTTAGTACTCTCGGTAGCAACGGCAGCATTTTCATTACCTTCTTTGGTTAATGCCGCACAACAAAACATTCTTAGCGTGCACATTTTGAACCAGCAAACAGGAAAACCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAATAc < 2:1599922/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |