| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,676,872 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,676,873 | 0 | G | C | 100.0% | 423.0 / NA | 177 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (78/99); total (78/99) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,676,874 | 0 | T | A | 99.4% | 425.2 / NA | 177 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (78/98); minor base C (0/1); total (78/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AAACCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAATACCGCCAAAACAGATAAGGATGGACGAATTAAGGCACTGTGGCCCGAGCAAACTGCAACTACGGGCGATTACCGTGTCGTATTTAAAACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATAGTACCTATCGTGGCAGTTAATGCATAAATATGTAAAAGCAGATCTCTGCTACTGTTAGGGAGGACACTCCCTGACAGATTAACAGTAAACGGCTCTTGCTGGCTAACGACAAAAAAGTGTGATGGCTTATGAAAAAGAATCAATTTTTAAAAGAAAGTGATGTTACGGCCGAGAGCGTATTCTTTATGAAGCGTCGGCAGGTGTTAAAAGCACTGGGCATCAGTGCAACTGCACTTTCTTTGCCTCACGCTGCGCATGCCGATCTGCTTAGCTGGTTTA > CP042583/1676596‑1677151 ||| aaaCCCGCTGCTGACGTGACAGTCACTCTTGAAAAGAAGGCGGATAACGGCTGGTTACAACTTAATACCGCCAAAACAGATAAGGATGGACGAATTAAGGCACTGTGGCCCGAGCAAACTGCAACTACGGGCGATTACCGTGTCGTATTTAAAACCGGGGACTATTTCAAGAAACAAAATCTTGAAAGTTTCTTCCCTGAGATCCCCGTTGAATTTCATATTAATAAAGTGAACGAGCATTATCATGTGCCTTTATTACTTAGCCAATATGGGTATTCAACCTATCGt < 1:545892/288‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |