Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,677,871 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,677,871 | 0 | A | T | 99.6% | 613.9 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (136/119); minor base C (1/0); total (137/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,872 | 0 | G | C | 99.6% | 606.9 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (136/120); total (137/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,677,873 | 0 | T | A | 99.2% | 612.2 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (135/120); minor base C (2/0); total (137/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAAAGCATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGAGTCAGGCTACCGAACGATTTATTGGTAGTGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCAAGCCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTG‑GTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCG > CP042583/1677592‑1678151 ||| ggTGGGCTGAAATATCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCGGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAAGCCGTATGTTGATCCCCCCGGCTGGTCACAGGCt > 2:958398/1‑288 (MQ=255) gCTGAAATATCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCAACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGa < 2:240834/288‑1 (MQ=255) cTGAAATATCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGaa < 2:44031/288‑1 (MQ=255) cTGAAACATCCTTAT‑TCGCAAGTGTTGCGTCTCGACGAAGCAATGCAGCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGaa < 2:908782/288‑1 (MQ=255) tatCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTa < 2:1461325/289‑1 (MQ=255) tatCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTa < 1:2169046/289‑1 (MQ=255) tCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTAtt > 1:28963/1‑289 (MQ=255) aTGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCACCCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGCATACGGTTTTTACCCCAACGTCAATCCGTATGTTGATCACCGGATCTGGTGCCAGGCGACCCGACGGTTTTGTGGttc > 2:1265262/1‑287 (MQ=255) aTGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACCGGCTACCGAACGATTTCTTGGtt > 1:1719751/1‑287 (MQ=255) aTGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGttc > 1:135914/1‑287 (MQ=255) 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gTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GGTTATGGCACTGCGTTACCGCCACAAAGTGGCGCGCCGGTGCGACGGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCg < 2:1126669/288‑1 (MQ=255) cgacgaAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGt > 1:1334788/1‑288 (MQ=255) cgacgaAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGt > 1:490256/1‑288 (MQ=255) cgacgaAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTa > 2:1070840/1‑289 (MQ=255) gacgaAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCg < 2:388546/283‑1 (MQ=255) aggaaTGCAGCCGGTAAACCTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGGAAGGATTGACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAgcg < 2:2131102/285‑1 (MQ=255) 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aTCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGAATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTG‑GTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTTACGATCCGGGGAAAGGTATTCAGCAtttt > 2:1581087/1‑287 (MQ=255) tCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTG‑GTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACt < 1:382458/289‑1 (MQ=255) tCACCCGCGCTGGTCAAGGGCTACCGAACGATTTATGGGTTCAGCGGGCATCCTTGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTCTTTAATGGTGACGCCGCCCAGGTGGCATTGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAGACAGGTGACATGGCTGAAAGTTGGCCTGCATCTGGCCGGATTGTTGCCGTTTATCTGGCTG‑GTCTGGGGGATCAATCACGGGGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTAc < 2:932907/288‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGga < 2:765934/132‑1 (MQ=255) gcgcTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGga > 1:765934/1‑132 (MQ=255) gcgcTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTG‑GTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCg > 2:1644778/1‑288 (MQ=255) ||| GGTGGGCTGAAATATCCTTATGTCG‑AAGGATTGCGTCTCGACGAAGCAATGCATCCGCTCACACTGATGACCGTAGG‑T‑GTTTATGGCAAGGCGTTACCGCCACAAAATGGCGCGCCGGTGCGACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAAAGCATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGAGTCAGGCTACCGAACGATTTATTGGTAGTGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCAAGCCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTG‑GTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCG > CP042583/1677592‑1678151 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |