Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,680,224 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,680,224 | 0 | A | T | 99.6% | 652.3 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,680,225 | 0 | G | C | 99.6% | 648.0 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (150/121); minor base T (1/0); total (152/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,680,226 | 0 | C | G | 100.0% | 651.5 / NA | 273 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (152/121); total (152/121) |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTAGTCGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTAGCCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAAAGCTGGAGTTTCCTTGGTTTCAATGTGTCTCCCTTTGTTACCCCAAACAGCGAAATTAAAGCACTGATAAAAAATATTCACGAAACCTGGGCAAATATAGGCTACTTTTTAATCGCAGCTCACGCTGGCGCAGCACTCTTTCA‑TCACTACATTCAGAAAGATAATACTCTGTTACGAATGATGCCTCGCCGCAAATAAGTCGATCCCCTTACAAGGAAATGTGAACCATGGACATCAACGCGTCATAAATGTTTACGCAAGTGCACAATGCACCCTTT > CP042583/1679947‑1680501 ||| tGCAATAACCTATGCCGCGATGGAACTCCGTGGCTGGTTTCCTAAAGGTAGTAGTACTTATCTGCTGATGCGAGAAACACATTACAATGCGGGTATATTCGTTTGGGTGTTAATGTTTTCACGCCTGATTATAAAACACCGTTATAGTGATCCTTCTATTGTGCCACCGCCACCTGCCTGGCAAATGAAAGCGGCTTCGCTAATGCACATCATGCTTTATATAACCTTCCTTGCACTTCCTCTGCTGGGGATTGCTTTGATGGCTTACAGTGGAAAATCGTGGAGttt > 1:676102/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |