| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 504,124 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 504,124 | 0 | A | T | 99.3% | 666.3 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (156/124); minor base C (2/0); total (159/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,125 | 0 | G | C | 99.7% | 658.7 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (158/124); total (159/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 504,126 | 0 | C | G | 99.7% | 672.0 / NA | 283 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (158/124); total (159/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCAGCCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGAGCGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCA > CP042583/503844‑504394 ||| tgcggtgcAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATc > 1:694634/1‑289 (MQ=255) aGGGTTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTgg < 2:510514/288‑1 (MQ=255) cATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTg > 1:1048291/1‑289 (MQ=255) tGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCTCGCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGTCGGTCATCGGTCTGGTATTCCTGAttt > 2:1881315/1‑288 (MQ=255) 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TGCGGTGCAGGATTTCATGGTGCTGTTTGTTTCTACGCGCCGTGACGGTCGCAGCCTGGGTGAGCTGGTCAAAGAAGAGATGGGGCCAACCGCCGGGGTGATTGCGCTGGTGGCCTGCTTTATGATCATGGTCATTATCCTTGCAGTGCTGGCGATGATCGTGGTGAAAGCCCTGACTCATAGCCCGTGGGGAACATATACCGTTGCGTTCACCATTCCGCTGGCGCTGTTTATGGGGATCTACCTGCGCTATCTGCGTCCGGGGCGTATTGGCGAAGTGAGCGTCATCGGTCTGGTATTCCTGATTTTCGCCATTATCTCTGGCGGCTGGGTGGCAGAAAGTCCGACCTGGGCACCGTACTTTGACTTTACCGGCGTGCAGTTGACCTGGATGCTGGTGGGTTACGGTTTTGTGGCGGCGGTGCTGCCGGTGTGGTTACTGCTGGCCCCGCGTGACTACCTCTCTACCTTCCTGAAAATCGGGACTATCGTCGGTCTGGCGGTAGGCATTTTGATTATGCGCCCGACGCTGACCATGCCTGCGCTGACCA > CP042583/503844‑504394 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |