Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,686,655 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,686,655 | 0 | A | T | 99.6% | 550.1 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,686,656 | 0 | G | C | 100.0% | 548.0 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (123/106); total (123/106) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,686,657 | 0 | T | A | 100.0% | 550.3 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (123/106); total (123/106) |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
GACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCAGCATAGAAAGTGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACAAGTATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTAGTCCAAGTGAAGGCGTGACCCCCAGTAATAACGCTATATATACTACCAACCACGACGGCAATTTTTACGCAAGCTTTACCGCTACAAAAGCCGGGGTTTATCAATTGACGGCAACCCTCGAAAATGGCGATAGCATGCAACAAACAGTGACCTATGTGCCGAACGTCGCGAATGCTGAAATCACGCTGGCAGCCAGCAAGGATCCGGTGATTGCCGACAATAACGATCTCACGACACTAACAGCAACAGTCGCTGATACAGAGGGCAATGCG > CP042583/1686378‑1686927 ||| gACGAACGAACAGGGTAAGGCTACCGTCACTTATACCAATACCCGCTCCTCGATAGAATCAGGAGCGAGACCGGATACCGTTGAGGCCAGTCTGGAAAATGGTAGCTCCACGCTTAGCACATCAATTAATGTCAACGCTGATGCGTCTACGGCACATCTCACCTTGCTACAGGCACTTTTTGATACAGTCTCCGCAGGCGAGACAACCAGTCTGTATATTGAGGTGAAGGATAATTACGGCAACGGTGTCCCCCAGCAGGAGGTAACCCTCAGCGTTTCACCAAGTGaa > 1:1751109/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |