Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,696,365 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,696,365 | 0 | A | T | 99.5% | 466.6 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,696,366 | 0 | C | G | 100.0% | 471.5 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (81/116); total (81/116) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,696,367 | 0 | T | A | 99.5% | 473.1 / NA | 197 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (81/115); minor base C (0/1); total (81/116) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 197 total aligned reads displayed.
TTGCCATAACCCCGGCAAAGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATACTAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACACTTTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCT‑AAAATTCAGCG‑GTTTAAAATAGCTCTTTAAGCTAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGT > CP042583/1696088‑1696646 ||| atGCCATAACCCCGGCAAAGGGAGCCGTTAGCCAGGCGATGGCCGTTAATCCAAGAGTGGAAAGCCAGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGacac > 2:689085/2‑288 (MQ=255) 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aacccagagTCGAAAGCCAGAACACATCCCTCAACTGAATCTCTGCTTGCCCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCT‑AAAATTCAg < 2:231946/284‑1 (MQ=255) aTCCAAGAGTGGAAAGCCCGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCT‑AAAATTCAg < 1:1079611/289‑1 (MQ=255) gaacggAAAACCAGAACACATGCCGCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCCACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCa < 1:477300/244‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |