| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,696,446 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,696,446 | 0 | G | C | 99.5% | 443.1 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,696,447 | 0 | C | G | 100.0% | 442.0 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (89/98); total (89/98) | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,696,448 | 0 | T | A | 100.0% | 446.5 / NA | 187 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (89/98); total (89/98) | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
GCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATACTAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACACTTTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCT‑AAAATTCAGCG‑GTTTAAAATAGCTCTTTAAGCTAATCCTTAGCGCAGGATTAAAACCAATCGCCAGCACCCACAAAATTGCAACTGCGCCAATATAACGAGAAATGGTTAAACCCAGCCCTGCCCCGACAAATCCCAGTCCCGGCCAGGAGAAAAGGCCGTAAATCAATATGCCGCTAATAATAATATTAAGAATATTCAGGCTACCGTTAATCAATAGCGGTATTTTCGTATTCCCTGCACCACGAAGTGCCCCGCTACCAATAAGAGTGATGGCAGCTGCTGGATAACTGAGTACCGTCAG > CP042583/1696166‑1696718 ||| gCAACTGAATCTCTGCTTGCGCTATCTGCCCTACCCCCAACCTTCGGCCTGTAATGATCGTAGAAGCAGAGCCGAGCGCACTTCCGGGTAAGTTGATAAGAGCCGCAATTGAAAACGCGATAAAATTTCCGGCAATAACACTGGTCCCCATCCCGGCAACGAACATTTGGGTTAATAACCGACCACTGGTAAATAACACTGATTCGACACTCGCGGGAATACCAATCCCCATGACTTCCCAGATAATGCT‑AAAATTCAGCG‑GTTTAAAATAGCTCTTTAACGAAATCCt > 1:1656973/1‑289 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |