Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,700,607 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,700,607 | 0 | G | C | 99.6% | 648.6 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,700,608 | 0 | C | G | 99.3% | 633.6 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (134/138); total (134/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,700,609 | 0 | T | A | 100.0% | 647.3 / NA | 274 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (134/140); total (134/140) |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GGCCCGCAGGAACAAATGCGGGCAAACTCTCCCCTCGTTTCGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGGCTGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTATTGTGCGGCAAAAGTCTCCAGCGGCTGGGTATTGTGATCAGGAACAGTTACAGTAAAGCTCTGCCCCACTAAACGGCTACCCTCTGGAGGTAATGGATAAGTTACCGCCAGGCTAGTATGGCTGGCAAAAAGCAGAGCAAAACTGCAAAGAATATTTACACGACGCATCATGTCCCTTTCCTATGTCGCGAAAGCTATCCGTT > CP042583/1700330‑1700881 ||| cccGCAGGAACAAATGCGGGCAAACTCTCCCCTCGTTTCGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCg > 2:1332955/1‑289 (MQ=255) 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cGCATATTCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATg < 1:2039101/289‑1 (MQ=255) ttCGCGCCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACtt > 2:903808/1‑289 (MQ=255) gcCGAGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAAcc < 1:1723353/288‑1 (MQ=255) 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aGTGTTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATg > 1:640506/1‑274 (MQ=255) gtgtTCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGc < 2:1572494/288‑1 (MQ=255) tCGGCGTTGGCGTCCAGGTTGGAGCTTCTTGTTTACGTTCAACGGTAGTCACCCAGTTACGCGGGGTTTCTCGCCCAGCCTGGCCGATACCAATAGGAAAGACTTCCACAGTATTACTGTCTGGTGGGTAGTAATAAAGACGCATCTCAGCGACGTTAACAACAATCCCTTTACGAACAGTGTCGGGCAAAATCAGTTGCTGCGGAATGGTGAGTTGCGAGCCAGACTTCGGCAAAAAAACATCAGCGCCCGGGTTCGCTTCCAGCATGTTACTTAACCCTTGCCCGTa < 2:1972459/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |