| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,707,069 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,707,069 | 0 | A | T | 100.0% | 663.6 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,707,070 | 0 | G | C | 99.3% | 649.2 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base C (125/148); minor base T (0/2); total (126/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,707,071 | 0 | T | A | 100.0% | 659.5 / NA | 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (126/151); total (126/151) | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GAGACATTAGCCCATTACTGGAACTGGATAGCGACACATTGCGCGAGCGTTTATATACCGCAAAAACCGATCTTGGCGATAACGCCGCCGTTCCGGTTAAGCTGGTGCATATCAATAAATGTCCGGTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACT‑GGGAATTAATCGTCAGCATTGCCTCGATAACCTGAAAATTCTGCGTGAAAATCCGCAAGTGCGCGAAAAAGTGGTGGCGATATTCGCGGAAGCCGAACCGTTTACGCCTAGTGATAACGTGGATGCACAGCTTTATAACGGCTTTTTCAGTGACGCAGATCGTGCAGCAATGAAAATTGTGCTGGAAACCGAGCCGCGTAATTTACCGGCACTGGATATCACTTTTGTTGATAAACGGATTGAAAAGCTGTTGTTCAATTATCGGGCACGCAACTTCCCGGGGACGCTGGATTATGCCGAGCAGCAACGCTGGCTGGAGCACCGTCGCCAGGTCTTCACGCCAGAGTTTTTGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTA > CP042583/1706788‑1707344 ||| gccATTACTGGAACTGGATAGCGACACATTGCGCGAGCGTTTATATACCGCAAAAACCGATCTTGGCGATAACGCCGCCGTTCCGGTTAAGCTGGTGCATATCAATAAATGTCCGGTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACT‑GGGAATTAATCGTCAGCATTGCCTCGATAACCTGAAAATTCTGCGTGAAAATCCGCAAGTGCGCGAAAAAGTGGTGGCGATATTCGCGGAAGCCGAACCGTTTACGCCTTCAGATAACGTGGATGca < 1:1840939/288‑1 (MQ=255) 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cGAACCGTTTACGCCTTCAGATAACGTGGATGCACAGCTTTATAACGGCTTTTTCAGTGACGCAGATCGTGCAGCAATGAAAATTGTGCTGGAAACCGAGCCGCGTAATTTACCGGCACTGGATATCACTTTTGTTGATAAACGGATTGAAAAGCTGTTGTTCAATTATCGGGCACGCAACTTCCCGGGGACGCTGGATTATGCCGAGCAGCAACGCTGGCTGGAGCACCGTCGCCAGGTCTTCACGCCAGAGTTTTTGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGc < 1:1002322/287‑1 (MQ=255) aCCGTTTACGCCTTCAGATAACGTGGATGCACAGCTTTATAACGGCTTTTTCAGTGACGCAGATCGTGCAGCAATGAAAATTGTGCTGGAAACCGAGCCGCGTAATTTACCGGCACTGGATATCACTTTTGTTGATAAACGGATTGAAAAGCTGTTGTTCAATTATCGGGCACGCAACTTCCCGGGGACGCTGGATTATGCCGAGCAGCAACGCTGGCTGGAGCACCGTCGCCAGGTCTTCACGCCAGAGTTTTTGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTa < 1:1968743/289‑1 (MQ=255) aCCGTTTACGCCTTCAGATAACGTGGATGCACAGCTTTATAACGGCTTTTTCAGTGACGCAGATCGTGCAGCAATGAAAATTGTGCTGGAAACCGAGCCGCGTAATTTACCGGCACTGGATATCACTTTTGTTGATAAACGGATTGAAAAGCTGTTGTTCAATTATCGGGCACGCAACTTCCCGGGGACGCTGGATTATGCCGAGCAGCAACGCTGGCTGGAGCACCGTCGCCAGGTCTTCACGCCAGAGTTTTTGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTa < 2:856452/289‑1 (MQ=255) ||| GAGACATTAGCCCATTACTGGAACTGGATAGCGACACATTGCGCGAGCGTTTATATACCGCAAAAACCGATCTTGGCGATAACGCCGCCGTTCCGGTTAAGCTGGTGCATATCAATAAATGTCCGGTGCTGGCCCAGGCGAATACGCTACGCCCGGAAGATGCCGACCGACT‑GGGAATTAATCGTCAGCATTGCCTCGATAACCTGAAAATTCTGCGTGAAAATCCGCAAGTGCGCGAAAAAGTGGTGGCGATATTCGCGGAAGCCGAACCGTTTACGCCTAGTGATAACGTGGATGCACAGCTTTATAACGGCTTTTTCAGTGACGCAGATCGTGCAGCAATGAAAATTGTGCTGGAAACCGAGCCGCGTAATTTACCGGCACTGGATATCACTTTTGTTGATAAACGGATTGAAAAGCTGTTGTTCAATTATCGGGCACGCAACTTCCCGGGGACGCTGGATTATGCCGAGCAGCAACGCTGGCTGGAGCACCGTCGCCAGGTCTTCACGCCAGAGTTTTTGCAGGGTTATGCTGATGAATTGCAGATGCTGGTA > CP042583/1706788‑1707344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |