Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,710,574 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,710,574 | 0 | A | T | 100.0% | 521.1 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,710,575 | 0 | C | G | 99.6% | 512.2 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (113/106); minor base A (0/1); total (113/107) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,710,576 | 0 | T | A | 100.0% | 526.4 / NA | 220 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (113/107); total (113/107) |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CATGGTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCATTTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCTTGTCAGAATAATTTTTCTTTAAATGGCACTTTTTCCGTCATCAGATTTTGCATAAACACCGGCGATCGCACTATTTGCTAAAATTTCATCCCGCCACCAGCCACTGGCAAGTCCTGCGGTCTGTTCGTTCCAGCCAATCCAGACGGGTTCAAAGAGAGTTTGGGCGACCACTTTCTTCTCGATTAACGCGCCACTATCGAGAAAACGTTGCGCCAGATAACGGGGTAAATAGCCGCAGCCGAGGCCGCTAATTTGCAGCTCCAGTTTGGTTTTAAAATCGAAAACGGTAATGGCTTCTTGTTCGTCGA > CP042583/1710296‑1710854 ||| tGGTCATTCTCCTTTACGGTGATAACCGTCGCGTAAGCAAAAAATTGCCCCATTTTTTTGGATTCCTCAGCGACAACAACTGTCGATTTTTAGTAAATATCTATCCGGTACGAAGCCCGGCCTCTTGGTATGAATGATTGGTTTGAAGCAAAAAATAACCGACGCTGATGAAACGTCGGTTTTTAGTCA‑TTTTTGACAGCGGCGCATTGTGCCTAAATGGGGGGGAAATGACAAGAGAATGAGAGGCTTGTCAGAATAATTTTTCTTTAAATGGCTGATTTTCCGtcat < 1:724744/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |