Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,712,480 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,712,480 | 0 | A | T | 99.3% | 691.6 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (159/127); minor base G (1/1); total (160/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,712,481 | 0 | C | G | 99.7% | 681.9 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (159/128); total (160/128) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,712,482 | 0 | T | A | 100.0% | 694.2 / NA | 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (160/128); total (160/128) |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GCTCCATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCACTAAGACTCATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGACTATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCACTCAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCTTTTTAACAATTCGCTTATCTGTTTCCTGCCAGTACAGATAATCGTCCCAACTTTCCTCAGACCAGATTAGTTTCACTCAATGATGTCCTTTTCCGTTCCTTTGCCACTTTTCAGGCTATCGATACTGTCCATCA > CP042583/1712205‑1712759 ||| gCTCCATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTa > 1:1214789/1‑288 (MQ=255) cATGCGAAGCAGATAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATTAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTTCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACcg > 1:446350/1‑288 (MQ=255) tcgCTACCAATGCCACACATTCGGGCCGCTTCGAAACCATCTTGTGTGGTTTTACCCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACgg < 2:1740112/287‑1 (MQ=255) tAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGa < 1:836107/286‑1 (MQ=255) tAGCTATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGa < 1:2194089/286‑1 (MQ=255) taccAAAGCCCCTCTGTCAGGCCAGTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTg < 2:1213261/284‑1 (MQ=255) tATCAATGCCACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTg < 2:833774/287‑1 (MQ=255) cAATGCCCCTCATTCGGGCGGCTTCGACACCAACAGGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGctcct < 2:2230391/289‑1 (MQ=255) cAATGCCACTCATCCGGGCCGCTTCAAAACCATTTTGTGTGGTTTTACTCCCGTTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGctcct < 2:1962204/289‑1 (MQ=255) cACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTaa > 1:1962204/1‑289 (MQ=255) cACTCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAAACGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTaa > 1:859253/1‑289 (MQ=255) tCATTCGGGCCGCTTCGACACCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGc > 1:553665/1‑289 (MQ=255) cacCATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAAcct < 2:1487478/288‑2 (MQ=255) ccATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACcgc > 2:779896/1‑240 (MQ=255) ccATCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACcgc < 1:779896/240‑1 (MQ=255) tCTTGTGTGGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAAcctgacaaa > 2:639011/1‑282 (MQ=255) tgtgtgGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTa < 1:2096932/289‑1 (MQ=255) tgGTTTTACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGtt > 2:451279/1‑289 (MQ=255) ttttACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACcgc > 1:587560/1‑227 (MQ=255) ttttACTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCa > 2:593107/1‑289 (MQ=255) cTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGct < 2:2043402/239‑1 (MQ=255) cTCCCGGTGACTTGCCAGCCTCGCGCTGAAAGTGACATCGCCAGCGGCATGCCTAACCACCCTAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGct > 1:2043402/1‑239 (MQ=255) 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tAACCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAACCTGACAAATTATGTTTCAGGGGTTCTGGCTTCCCCTTACCTTCAAATGGCGTTCTGCGGGTATCTTTGATAAGTTCATTGATCtt > 1:60443/1‑289 (MQ=255) aCCCGACAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTaa < 2:482532/154‑1 (MQ=255) aCAATTGCGACCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACGGTGCTCCTCTGTAATGCGTCGGGACCAGAAAcctgac < 2:323116/202‑5 (MQ=255) aCCTTTTTCATCCGTTATCTCCTGATACACCTTAGATCTATAAGGCTACGCTAGCGTATCAAAACTGACAATTCATTCTATGAATGAATCTGTTCAATAATGATAACGACATGCTGCAATGAGCAGTGAATCGTCGGTAACCGCGTATACCAGACgg > 2:567353/1‑157 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |