Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 508,313 | 2 bp→GC | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 508,314 | 0 | T | C | 99.7% | 670.0 / NA | 282 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (133/148); total (133/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TTTATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGAGCGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAAAGCACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA > CP042583/508033‑508595 || tttATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:1114170/289‑1 (MQ=255) tttATCGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:1430358/289‑1 (MQ=255) tttATCGCCAGAAGCGCAATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 2:378683/289‑1 (MQ=255) cGCCAGAAGCGCGATATTCTGGTGAATGCTTTAAATGAAAGCCGGCTGGAGATTTTACCGTGTGAAGGTACATACTTTTTGCTGGTGGATTACAGCGCGGTTTCTACCCTGGATGATGTTGAGTTTTGCCAGTGGCTGACGCAGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCTTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTc < 2:792917/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |