Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,713,746 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,713,746 | 0 | A | T | 99.6% | 663.0 / ‑5.0 | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (141/136); minor base C (0/1); total (141/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,713,747 | 0 | G | C | 99.6% | 651.8 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (141/136); total (141/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,713,748 | 0 | C | G | 99.6% | 655.6 / ‑4.8 | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (141/136); minor base . (0/1); total (141/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
ATCCGGCCGTTTAAGTGATGACAGTCGCGAATTGCTGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCACACCCAGCGCCTGATCGCGATGGCAGAAAACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGGCGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCG‑TCTTAGCCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACTGGCGGATGCGATTTGCGATCTGGTTTCCACCGGTGCCACGCTGGAAGCTAACGGCCTGCGCGAAGTCGAAGTTATCTATCGCAGCAAAGCCTGCCTGATTCAACGCGATGG > CP042583/1713466‑1714026 ||| aTCCGGCCGTTTAAGTGATGACTCACGCGAATTGATGGCGCGCTGTGGCATTAAAATTAATCTTCACACCCAGCGCCTGATAGCGATGGCAGAAGACATGCCGATTGATATTCTGCGCGTGCGTGACGACGACATTCCCGGTCTGGTAATGGATGACGTGGTAGACCTTGGGATTATCGGCGAAAAAGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCAAGGGTGAAGTTCCACGCGACTTTACCCTACGTCGTATGGATTTCGGCTGCTGTCG‑TATTacgctcgca > 2:1151103/1‑281 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |