Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,714,750 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,714,750 | 0 | A | T | 99.1% | 538.0 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (103/126); minor base C (2/0); total (105/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,714,751 | 0 | G | C | 99.6% | 543.4 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (104/127); minor base T (1/0); total (105/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,714,752 | 0 | T | A | 97.8% | 538.3 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (101/125); minor base C (3/2); total (105/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CGGCGATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTAGTGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCAGTACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGG > CP042583/1714470‑1715036 ||| cggcgATGAGGCCCTGCGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTa > 1:2242227/1‑289 (MQ=255) cGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGGTCCGCCCCGCTCCTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACt > 1:1855256/1‑288 (MQ=255) cGGGAATACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACt < 1:27999/288‑1 (MQ=255) aaTACAGCGCGAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGc > 1:1924578/1‑289 (MQ=255) aTACAGGGCGAAGTTTGATAAAACAACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATGGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGc < 2:1707580/288‑1 (MQ=255) tACAGCGCGAAGTTTGAGAAACCCACGGTTACCGGGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGa < 2:780989/289‑1 (MQ=255) gAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCg > 1:759060/1‑289 (MQ=255) gAAGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCg < 1:471129/289‑1 (MQ=255) aaGTTTGATAAAACCACGGTTACCGCGCTGAAGGTGGCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCg < 2:931080/288‑1 (MQ=255) aattgtagcaagccACGGGTGCTGCGCTGAAGGTGGCGGAAGAGCGGAACGCCGCCGCCACCGAACGCCCGAGCAACGGGCGAAGACAGGCGATGGCGGTGGAAGTAAAGAAGATGGAAAACCTACACACTGCGCAAAAACCGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGGCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATGCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGGATTGCggg < 2:1334257/277‑1 (MQ=255) 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cACGGTTAGCGGGCTGAAGGGGACTGCAGAGGAGATCGCCGGCGGCAGCGAACGCCTGAGGGACGAGCTAAGACGGGAGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAgtg < 2:2242227/289‑1 (MQ=255) cACGGTTACCGCGCTGAAGGTGTCTGCAGAGGAGATCGCCGCCGCCAGCGAACGCCTGAGCGACGAGCTAAAACAGGCGATGGCGGTGGCAGTAAAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGCCGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGCCAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCGTCCGGTAGCTTCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCCCCGCTCTTCTCAACGGTATTAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAg < 1:1191763/287‑1 (MQ=255) cGGTCACCGGGCTGAAGGTGGCGGCAGCGGGGGGCGCCGCCGCCAGCGAACGCCAGAGCGACGAGCAAAAACAGGCGATGGCGATGGCAGTAGAGAATATTGAAACCTTCCACACTGCGCAAAAACTGACGCCGGTAGATGTAGAAACGCAGACAGGCGTGCGTTGCCAGCAGGTCACGCTTCCGGTAGCTGCAGTTGGGTTGTATATTCCTGGCGGCTCCGCTCCGCTCTTCTCAACGGTAATAATGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAg < 2:1855256/285‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |