Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,715,041 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,715,041 | 0 | A | T | 97.2% | 657.7 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (145/137); minor base G (4/4); total (150/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,715,042 | 0 | G | C | 99.0% | 673.5 / ‑5.1 | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (147/140); minor base A (3/0); total (150/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,715,043 | 0 | C | G | 100.0% | 685.4 / NA | 291 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (150/141); total (150/141) |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGAGCGAAGTGCTGGTGA‑TTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGACAGTCAGGTGATTTTACTGACGCCCGCTGCTGATATGGCGCGTCGCGTTGCCGAGGCCGTCGAACGCCAACTGGCAGAACTGCCGCGTGCCGAAACCGCCCGCCAGGCACTGAACGCCAGCCGCCTGATCGTGACTAAAGATTTAGCGCAGTGCGTGGAGATCTCCAACCAGTACGGCCCGGAGCACCTGATCAT > CP042583/1714763‑1715321 ||| tGCTGGCGCCTCCGGCGAGTATTGCGTGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCTCACCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGTCGGAAGTGCt < 1:1472316/289‑1 (MQ=255) 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TGCTGGCGACTCCGGCGAGTATTGCGGGCTGTAAAAAAGTGGTGCTGTGCAGTCCGCCGCCGATTGCCGATGAGATCCTTTATGCGGCGCAGCTGTGCGGTGTGCAGGACGTGTTTAACGTCGGCGGCGCACAGGCCATTGCCGCACTGGCGTTTGGTACGGAATCTGTGCCAAAAGTGGACAAAATCTTCGGGCCGGGTAACGCCTTTGTCACCGAAGCGAAACGTCAGGTGAGCCAGCGTCTGGACGGTGCGGCGATCGATATGCCCGCAGGCCCGAGCGAAGTGCTGGTGA‑TTGCTGACAGCGGCGCTACGCCGGATTTCGTGGCTTCTGATTTGCTCTCTCAGGCTGAACACGGCCCGGACAGTCAGGTGATTTTACTGACGCCCGCTGCTGATATGGCGCGTCGCGTTGCCGAGGCCGTCGAACGCCAACTGGCAGAACTGCCGCGTGCCGAAACCGCCCGCCAGGCACTGAACGCCAGCCGCCTGATCGTGACTAAAGATTTAGCGCAGTGCGTGGAGATCTCCAACCAGTACGGCCCGGAGCACCTGATCAT > CP042583/1714763‑1715321 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |