| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 508,596 | 9 bp→TGATGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 508,596 | 0 | A | T | 98.3% | 560.6 / ‑5.0 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (113/120); minor base G (2/2); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,597 | 0 | C | G | 98.3% | 552.9 / ‑2.9 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (113/120); minor base A (2/2); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,598 | 0 | T | A | 98.3% | 545.3 / ‑5.1 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/2); new base A (113/119); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,599 | 0 | A | T | 98.7% | 559.7 / ‑2.7 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base T (113/120); minor base G (1/2); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,600 | 0 | C | G | 98.7% | 552.3 / ‑2.7 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (113/120); minor base A (2/1); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,601 | 0 | T | A | 97.9% | 543.5 / ‑4.7 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/2); new base A (113/120); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,602 | 0 | A | T | 98.7% | 553.0 / ‑5.2 | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/0); major base T (113/118); minor base G (0/3); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,603 | 0 | C | G | 99.6% | 555.2 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (113/121); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 508,604 | 0 | T | A | 99.6% | 566.1 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (115/120); total (116/122) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑ACTACTACTGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCG > CP042583/508334‑508861 ||||||||| gggAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATg < 1:1891378/289‑1 (MQ=255)ggaaaatttGCCGGTCGGCCATCCACTTTTTCAGGCCGTTAATTGCGTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCGATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCACCTGGCTAAGTACACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGAGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATg < 2:1607953/282‑1 (MQ=255) ggAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATg > 1:87247/1‑288 (MQ=255) ggAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATg < 1:65272/288‑1 (MQ=255) ggAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATg > 1:2160326/1‑288 (MQ=255) ggTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAAcc > 1:2067022/1‑289 (MQ=255) ggCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGAGGCGATGCGTTGATTACGCGTCGCTCCCATGCAGGTCACCTGCAAATCACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATcc > 2:1901374/1‑289 (MQ=255) cAAACAACTCTT‑‑‑GGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAACACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATg < 1:1034477/268‑1 (MQ=255) cGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGCTTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATTAC‑‑CCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCAACATTTCCATGGACttttt > 2:570287/1‑289 (MQ=255) ttAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTa > 1:1695472/1‑288 (MQ=255) ttAATTTGCGTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTAt < 1:399022/289‑1 (MQ=255) ttaTTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTTTCCATTCCCCGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTAt < 2:1174116/286‑1 (MQ=255) tAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTAt < 1:963674/288‑1 (MQ=255) cTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTAtgt > 2:2226963/1‑289 (MQ=255) cAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTAtgtgtg < 2:1808616/289‑1 (MQ=255) cAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTAtgtgtg > 1:329862/1‑289 (MQ=255) 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cgcaCTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTTTTTTCCAATTTTTTTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACaa < 2:707947/288‑1 (MQ=255) agcaCTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGTCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGGCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAT‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGtgtctttgccccca > 2:2152542/1‑275 (MQ=255) cTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAAtggg < 2:1483587/289‑1 (MQ=255) 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aaaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTaa < 1:892085/289‑1 (MQ=255) aaTAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑TGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAG‑TTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCCCGACAGGGGCTTACCTGTTGGACCGCCATGCGGATTTCATTAAt > 2:1244003/1‑288 (MQ=255) ||||||||| GGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCGCTCATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAA‑‑ACTACTACTGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCG > CP042583/508334‑508861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |