Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,725,234 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,725,234 | 0 | A | T | 100.0% | 577.5 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,725,235 | 0 | G | C | 100.0% | 572.8 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (121/120); total (121/120) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,725,236 | 0 | T | A | 98.8% | 566.4 / NA | 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (121/116); minor base C (0/3); total (121/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGAGTATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCAGCTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAT‑TTTCAGTCTCGACAGTGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTCTCTGCTTAAGCTTCCTGTTGATGATTGGCTTTAGCCTGGTGGCAGAAGGTTTCGGCTTCGTCATTCCGAAAGGCTACCTGTACGCTGCCATTGGTTTCAGCGTGATGATCGAGGCGCTCAATCAGTTGGCTATCTTT > CP042583/1724955‑1725515 ||| cGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGTGGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCAT‑TTTCTCACTCGAc < 2:897783/288‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |