| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,735,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,735,288 | 0 | A | T | 99.1% | 762.4 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base T (152/176); total (153/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,735,289 | 0 | G | C | 99.1% | 758.7 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); major base C (151/176); minor base T (1/2); total (153/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,735,290 | 0 | C | G | 99.7% | 791.7 / NA | 333 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (153/179); total (153/180) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
CGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAG > CP042583/1735010‑1735566 ||| cgcagacACGGCACCGAGAGGCGATTACTCAGCCGGGGATTGTGCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGACGCAAAGACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCg < 2:766898/288‑1 (MQ=255) gCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGGTCATTGCTGCTGGTGGGGCCGCAGGGGCGTTCGCGTCCCGATCGGGaa > 2:1619796/1‑286 (MQ=255) tGCCAGAAGCGATTACTCAGGCTGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAagccag < 1:19243/289‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctg < 1:2116828/286‑1 (MQ=255) aGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCGGGGCTGGACTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGCGTGCTGGGGGTGGATATCGGCGGTG‑GGACGCCCGACTGGTTGTGCCTTCTGATGGGGGCGCGTGGGGGTTGGCGTCCCGATTGTGACGCTCGCctgctg > 2:1965558/1‑289 (MQ=255) aGCGATTACGGAGGGGGTGATTGGTCGGCCGGTCAACTGCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAGCGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGGGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCctgct < 2:68650/288‑1 (MQ=255) gCGGTGGTTGGTCGTCCGTTCAACGTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGt < 2:894744/288‑1 (MQ=255) gCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTTGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGt < 1:346943/288‑1 (MQ=255) tgggTCGTCCGATCAACTTCCGGGGGCGGGGAGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTa < 2:1511129/286‑1 (MQ=255) tcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGt > 1:1162535/1‑289 (MQ=255) tcCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGt > 1:1541647/1‑289 (MQ=255) cgggtaaaCTT‑CAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 1:393099/282‑1 (MQ=255) ccGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTa < 2:1064046/289‑1 (MQ=255) ggtCAACTTCCAGGGGCGGGGCGGTGAGGAAGCAACAACCCAGGCGAAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGGGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAAc < 2:1647005/287‑1 (MQ=255) gATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAAc < 1:605771/289‑1 (MQ=255) aTCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCTCCGTGGCGTTCGCGTCCCGATCGTGAACGCAGCCTGCCGGGGCACAGTCGTTGTCGTCTTGGGGGTAACg > 2:1444207/1‑289 (MQ=255) aTCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACg > 1:1647005/1‑289 (MQ=255) aTCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACg > 2:2169971/1‑289 (MQ=255) tgaactgcagcgggCTGGGCGGTGATGCACCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCTCGGCGAAGCTGGCCGGATTCAGGGCCGTGGTATTCCAGTACGGGCCGGTCGCGGCTGGGGTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACg < 2:607544/277‑1 (MQ=255) 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cccAGGGGAAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAGGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGcc < 2:1541647/289‑1 (MQ=255) aGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGcc > 1:266754/1‑286 (MQ=255) ggggaaGGGTTTCTGGAACGGGGGGGGAAGCGTGCCGGAGTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCActg < 2:1117582/284‑1 (MQ=255) aaGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCActgcggc < 1:1444207/288‑4 (MQ=255) ttCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTTGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGGTTAAAAACCTTATTCCACCTCTGGGTATggg > 2:322572/1‑289 (MQ=255) aCGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTTCATTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGaa > 1:1845818/1‑289 (MQ=255) 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cGCAGTGGCGTTCGCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTa < 1:1814333/214‑1 (MQ=255) ||| CGCAGGCACAGCTGCCAGAAGCGATTACTCAGGCGGTGATTGGTCGTCCGATCAACTTCCAGGGGCTGGGCGGTGATGAAGCAAACACCCAGGCGCAAGGGATTCTGGAACGCGCGGCGAAGCGTGCCGGATTCAGGGACGTGGTATTCCAGTACGAGCCGGTCGCGGCTGGGCTGGATTACGAAGCCACCTTGCAGGAAGAAAAACGGGTGCTGGTGGTGGATATCGGCGGTG‑GTACGACTGACTGTAGTTTGCTGCTGATGGGGCCGCAGTGGCGTAGCCGTCTCGATCGTGAAGCCAGCCTGCTGGGTCACAGTGGTTGCCGTATTGGCGGTAACGATCTGGATATCGCGCTGGCGTTTAAAAACCTGATGCCACTGCTGGGTATGGGTGGCGAAACCGAAAAAGGCATCGCCCTGCCGATCCTGCCGTGGTGGAATGCGGTTGCCATCAACGACGTACCTGCGCAGAGTGATTTCTACAGTAGTGCCAACGGTCGTCTGCTTAACGATCTGGTACGCGATGCCCGCGAACCGGAAAAAGTGGCCCTGTTACAG > CP042583/1735010‑1735566 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |