| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 511,006 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 511,006 | 0 | A | T | 100.0% | 421.3 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 511,007 | 0 | C | G | 99.4% | 416.2 / NA | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (84/92); total (85/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 511,008 | 0 | T | A | 99.4% | 422.7 / ‑6.4 | 178 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (85/92); minor base G (0/1); total (85/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 178 total aligned reads displayed.
TCACCAGATCGGCTTTGCGGTGAACCAACAGTTCTTCAGCATTCTCTGCACTCATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCACTGCGAATGAATAAAGGGTCATTAAATTGCGCACGTAAGCGTTGTAAGCTCTGGCTCACGGCACTTGGGGTGATATATAGACTTTCAGCAGCTTTGCTAATGCTTAAATGCTGGTAAATACACTCAAATATGACAAGAAGATTTAAGTCGAACTTTTTCAAGTCGTAGAGATTGGCCATACACTACTCCGGTTATATTTTTCTTCCATGATATATTCACTTAATCAATGTTTTTTGCGTATATATTTTTATTGATTATGTTTTTTTGCTTA > CP042583/510729‑511277 ||| gCTTTGCGGTGAACCAACAGTTCTTCAGCATTCTCTGCTGACATGAGGATATCATGGCACTCAATCTCGACAGAGGAATCTTGCCGTAGGCAGCGGATCAGCATACTATTATTAGAGCAAGAAATGAGCTGAGGGCCGTAGATAATAAAGTTTTTCTTTAGTTCGGACTTATTGACTATATTAATTGTTTGTTCAAGGCCTCTGAGATTTTTCTCAAGATGGTGATGCAGATTTAACCCTGTTGTCGTCGGCGCGATACCTTTTCCTGAGCGAATGAATAAAGGGTCAt > 2:1249937/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |