| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,738,163 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,738,163 | 0 | A | T | 100.0% | 468.0 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,738,164 | 0 | G | C | 99.5% | 458.4 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (124/71); minor base A (1/0); total (125/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,738,165 | 0 | C | G | 99.5% | 455.4 / NA | 196 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (125/69); total (125/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
TTGTTTTCATAATATTTCGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAATAATAACAACTAACCATTAAAATTATTTCTATATGGGGAAAACCCACTCAAGAATAAAAATGATAATGCAATTTTATCAGGATACAATTCAATTTCGGCCTGATAATGATTAACTTCCACAGGTTTTTGCTAACTTTGACTACAAAGGGATTCTGGAGAAAAAATGAAAAAGATATTACTTATGTTGAGTCTGCTATTTTTTACTACCGCGGGCTTTAGTGAAGTTAGCGATACGTTAGTGACGGGAGGTTATGATAAACAAGCGATGTCTGACGCGATTAAACATGCGCGGAAAGAAACCGATAAATTCATCGAGGTTATGAATAAAAAAGATGCCGATACTTTCGCAGTCAAAGCCCCGATAACCGATCACGGAAGAACCGAGCATTTCTGGCTTACGGATGTCACTTATTCTAACGGCATGTTTATTGGCGTAATCAGCAATGACCCTGGTATTGTTACAAACGTAGAATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGAT > CP042583/1737891‑1738441 ||| gTTTTCATAATATTTCGCGGGTAGTTATATTATATTTCAATGAATAATAACAACTAACCATTAAAATTATTTCTATATGGGGAAAACCCACTCAAGAATAAAAATGATAATGCAATTTTATCAGGATACAATTCAATTTCGGCCTGATAATGATTAACTTCCACAGGTTTTTGCTAACTTTGACTACAAAGGGATTCTGGAGAAAAAATGAAAAAGATATTACTTATGTTGAGTCTGCTATTTTTTACTACCGCGGGCTTTAGTGAAGTTTCGGATACGTTAGTGACg < 2:1688620/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |