Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,744,656 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,744,656 | 0 | A | T | 99.7% | 701.9 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (145/149); minor base C (1/0); total (146/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,744,657 | 0 | G | C | 99.7% | 695.6 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (145/149); minor base T (1/0); total (146/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,744,658 | 0 | C | G | 99.7% | 690.6 / NA | 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (145/149); total (146/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
GCATGGCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCAGTATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATAGCCTGGGCGATGCGGTGCAGGCGATTATGGACACCGAAAAGACGCTGAATCTGCCGGTGGATATCACCACGCAGTTCCAGGGCAGCACCCTCGCCTTCCAGAGCGCGCTGGGCAGCACTGTCTGGCTGATTGTCGCGGCGGTGGTGGCGATGTATATCGTGCTCGGCATTCTGTACGAGAGCTTTATTCACCCGATCACCATTCTCAGCACGCTACCCACCGCAGGGGTTGGCGCACTGCTGGCGTTGCTGATTGCTGGTAGCGAACTGGATGTGA > CP042583/1744375‑1744932 ||| tGGCGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTTCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGa < 1:153733/289‑1 (MQ=255) cGGATGTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATg < 1:1813502/288‑1 (MQ=255) gTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTg > 2:1480340/1‑288 (MQ=255) gTCGATAACGCCCTGTACAACGCGTTTGGTCAGCGGCTGATTTCCACTATTTATACTCAGGCCAACCAGTATCGCGTGGTGCTGGAGCACAACACCGAAAATACCCCAGGCCTCGCGGCGCTGGATACCATTCGCCTGACCAGCAGCGACGGCGGCGTGGTGCCGCTAAGCTCAATTGCCAAAATTGAGCAGCGTTTTGCGCCGCTCTCCATCAACCATCTGGATCAGTTCCCGGTAACGACCATCTCCTTTAACGTGCCGGATAACTATTCGCTGGGCGATGCGGTGc > 2:159970/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |