| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,745,352 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,745,352 | 0 | A | T | 99.6% | 562.5 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (108/131); minor base G (1/0); total (109/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,353 | 0 | G | C | 99.2% | 557.0 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (109/129); total (109/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,745,354 | 0 | C | G | 98.8% | 557.2 / NA | 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (106/131); minor base T (3/0); total (109/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.23e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
GATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGAGCGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCAGCCTGCCCGGTGCGAGTCCAGAAACAATGGCGTCTTCCGTTGCCACGCCGCTGGAGCGCAGTCTTGGGCGCATTGCCGGAGTCAGTGAAATGACCTCCAGCAGTAGCCTCGGCAGCACGCGTATTATTTTGCAGTTTGATTTTGACCGGGATATCAACGGCGCAGCGCGTGATGTGCAGGCG > CP042583/1745078‑1745630 ||| tgtcctagtgaCCACTCGGGGGGTTCTGCTTGGCGCGCTGCGGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGGGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:1304433/281‑1 (MQ=255)gATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 1:1909754/289‑1 (MQ=255)gATCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:297937/289‑1 (MQ=255) ctcctgaggccgcctctGGCGGCTCGGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTAcc < 2:1971615/275‑1 (MQ=255) tCCTGATGCCCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCATCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCt < 1:1093231/289‑1 (MQ=255) tCCTGATGACCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGCTTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGGGAAGTTTGTTCCCGCTTTCCTTTACCTCCCGGTGGCGCCGATTTTACTTTCTGTTGCCAttcc > 2:1209916/1‑284 (MQ=255) atgaCCACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCg > 1:1458554/1‑289 (MQ=255) cACTCTTGCGGAGCTGCTTGGCGCGCTGCCGTTGATGGTGGGGACCGGGGTCGGCGGGGACCTGCGGCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGAGTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATa < 2:64141/289‑1 (MQ=255) cACTCTGGCGGCTCTGCTTGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCCTTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCAt > 2:2256495/1‑288 (MQ=255) ggcTCTGCTGGGCGCGCTGCCGCTGATGTTGGGTACCGGGGTCGGCGCGGACCTGCTTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCtt < 1:1209916/288‑1 (MQ=255) ggCGCGCTGCCGCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTAtgctg > 1:1869484/1‑288 (MQ=255) gcgtcTGATGTTGAGTCCCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCGTGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGc < 2:1444747/284‑1 (MQ=255) gCTGATGTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCg < 1:2011741/289‑1 (MQ=255) gTTGAGTACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGcc > 2:873402/1‑288 (MQ=255) tACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCCGCCGCAGGTc > 1:548670/1‑289 (MQ=255) tACCGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCCGCATCCTGGGCTTCCGTAGGCTGCCGGGCGCCCCGCTCCGGCCGGTc > 2:1024160/1‑289 (MQ=255) ccGGGGTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTTTTCGGCATACTGGGCTTCCCTAGTCTGCCGGTCGCCCCCCTGCCGCCGGTccg > 2:1946800/1‑287 (MQ=255) gggTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGt > 1:81174/1‑283 (MQ=255) gggTCGGCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGt < 2:81174/283‑1 (MQ=255) ggCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTTCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGCTTTTACTGTCGGTTGCCATTACCTGCTTCCGCAATCCTGTCTTCCGTAATCTGCCGGCCGCCCCGCTTCCCCAGGTCGCTTTTcc > 2:1708161/1‑287 (MQ=255) ggCGCGGAACTGCGTCGTCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCgg < 1:1811807/289‑1 (MQ=255) cgtcgtCCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGCCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGACGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCTGTCCCCCCCCTGCCCCCGGTCGATTTTCCGGTGTCTATCGTc > 2:576230/1‑288 (MQ=255) cgtcCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAgcg < 1:2069962/289‑1 (MQ=255) tcCGTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGTCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCgg > 2:261724/1‑272 (MQ=255) gTTAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCGGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGcctcg < 2:105006/289‑4 (MQ=255) tAGGTATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGCGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGCTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGcccccccc > 2:1246664/1‑284 (MQ=255) tATCGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGcctcgctgcc < 1:781820/288‑9 (MQ=255) tgcGGCCTGGTCGGCGGTTGTATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGccc < 2:681304/286‑1 (MQ=255) cGGCATGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTTTTCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCTCGCTCCCCACGGTCGCTTTTCCGGTGATTCTCCTCAGCGCCCCGCTGCCCGGt > 2:982192/1‑289 (MQ=255) aTGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCgt < 1:1953186/289‑2 (MQ=255) tGGTCGGCGGTCTGATTGTCAGCCAGGTGCTGACGCTGTTTACCACGCCGGTGATTTATTTGCTGTTCGACCGCCTGGCATTGTGGACCAAAAGCCGCTTTGCCCGTCATGAAGAGGAGGCGTAAGTGAAGTTTTTTGCCCTCTTCATTTACCGCCCGGTGGCGACGATTTTACTGTCGGTTGCCATTACCCTGTGCGGCATACTGGGCTTCCGTATGCTGCCGGTCGCCCCGCTGCCGCAGGTCGATTTTCCGGTGATTATCGTCAGCGCCTCGCTGCCCGGTGCgt > 1:557687/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |